本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat 对象的构建和信息提取。 目前构建Seurat对象有以下几种方法： 从 CellRanger 输出构建 从 h5 文件构建 从表...
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Seurat 对象的构建和信息提取 -
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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bam文件过滤和去重复
最近处理的几组数据使我感觉到生信软件的教程一定要看最新的或官方的，因为现在的技术和方法发展太快了，软件更新换代也非常快，每一个版本都可能有细微的区别，网上找到的几年前的教程可...
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基因组比对专题——sam文件格式详解(2)
在最近的学习工作中，我越来越认识到生物信息学分析重要的基础之一是对文件格式与含义有着深刻的认识。因此，在深入了解比对之前，必须对其中所要用到的文件格式加以研究。本文参考自SA...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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ChIP-seq详细分析流程参考生信技能树1以及生信技能树2只记录从数据下载，到最终结果展示，具体生物学知识请自行查阅稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。数据下载：数据存放地址关于环境...
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Structure图的构建与理解
介绍 什么是structure图？ 如果你有看过群体遗传相关的文章，你对它肯定不会陌生。对那些还没有接触过的同学，那就直接上图吧： 上图是选取于一个大麦群体遗传的研究。不同的...
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CytoTRACE 原理及代码解释CytoTRACE是一款基于单细胞计数矩阵推测细胞间活性和细胞间相对分化状态的一款软件，这里我们结合实际代码例子，解释CytoTRACE的数学原理： step 1:这一步先将...
