近日，简书平台发现部分用户利用平台从事非法虚拟货币炒作等行为，为此简书平台开展了对非法虚拟货币业务的全面排查和治理，现就相关事项声明如下： 简书平台坚决禁止在平台内开展、参与...
发简信
IP属地：西藏
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关于禁止利用简书平台开展非法虚拟货币业务的声明 -
选择压力分析，从序列下载到结果绘图选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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@Yorleleiyo 是的，这个目录下会保存划分到各个Orthogroup内的全部序列
生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因
在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...
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生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因
在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...
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操作的话可以关注一下QTL-seq和MutMap两款软件，可以计算snp index和delta snp index。另外BSA的原理不是直接野生和突变混池，而是二者杂交后的子二代分离个体之间根据性状进行混池，建议再具体理解一下原理哈。Ryohei 2013年的一篇Plant journal推荐学习
遗传统计|BSA-seq混合分组鉴定功能基因
分离体分组混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也称为集群分离分析法或混合分组分析法，是从近等基因系分析法演变而来的。常规的育种通常从近等基...
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生信步骤|EffectorP批量预测病原物效应子EffectorP软件利用机器学习原理，通过事先收集已知的效应子制备训练集，从而实现病原真菌和卵菌的效应子预测[1]。 EffectorP发展史[2]：1.0版本最初在16年...
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生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka
全基因组注释是鉴定生物基因组特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。Prokka在预测基因组CDS区域时采用了多种数据库，...
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全基因组复制 WGD |（一）简介
01 什么是全基因组复制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复，...
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2021-03-26orthofinder寻找直系同源基因该文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 谢谢原作者！ 1.OrthoFinder能做什么？ Ortho...
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基因家族分析（2）鉴定基因家族成员鉴定的主要方法为序列相似性比对和功能结构域预测。以苦荞的MAPK基因家族的鉴定为例。 苦荞基因组数据处理 下载并解压后需要使用文件如下：基因组：FtChromos...
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生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有一样保守域的蛋白。而后根据统计...
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生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081...
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甘蓝泛基因组中预测的抗性基因丰度的变化
Title： Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapange...
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diamond & blast：DNA蛋白序列比对
导读 用query基因、DNA序列、16S扩增子序列、蛋白序列比对基因注释、物种注释 、基因功能注释数据库。Blast准确性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代测序...
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蛋白保守结构域和进化树常规的MEME和进化树可视化，以及其它基因结构/注释信息结合进化树可视化，TBtools已经做的很好https://cloud.tencent.com/developer/a...
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什么 | 卡通热图，还有新玩法？！8月份，我们组织了一次「卡通热图」活动，基本集齐「100」种植物的「卡通热图」。陆陆续续，可以看到不少优秀的作品，比如最新的这幅花生卡通热图。 完美，真是好看。当然，前面也提...
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WGCNA分析中TOMplot热图颜色设置前面给大家介绍了 ☞[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum%3F_...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmer...