暮光鹌鹑

Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），它是一种用来比较两种基因组之间相似度的方法。ANI 主要用于...

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大家经常在文献中看到非常漂亮的多序列比对图，上面标注了各种蛋白二级结构的信息，现在小白将目前见过的最好看的序列比对图和蛋白二级结构的组合图的作图方法作分享，希望对大家的科研工...

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kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...

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1. metaWRAP简介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据...

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将序列比对的结果保存为漂亮的图片 多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物...

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大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研工作有所帮助，效果图如下： 1.在蛋白质数据、Genbank...

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在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。 一、awk 输出为 二、bioawk 得到的...

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NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。 下载SRA文件sratoolkit 从NCBI官网下载sratoolkit选...

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DNA通过转录，控制着mRNA的合成，而mRNA是蛋白质合成的模板，它决定了蛋白质的序列结构、功能等信息。把mRNA看作一种语言，它由4种不同碱基的核苷酸组成（A、U、C、G...

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pheatmap[https://www.jianshu.com/p/b0b28ee8993d]ComplexHeatmap handbook[https://jokergo...

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热图注释 前面我们介绍了如何绘制聚类热图，在这一节我们将介绍如何添加注释 热图的注释是聚类热图的重要组成部分，能够将热图的行、列附加信息添加到热图中。 ComplexHeat...

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还记得之前我们发过的热图吗？ 样品之间聚类的时候发现对照和实验组混合到了一起。这是由于样品一致性差造成的，这种情况很多时候都会遇到。一般的做法是放弃列的聚类。但是我不，很多文...

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前言 我们继续介绍 ComplexHeatmap，今天要介绍的内容是热图列表。 ComplexHeatmap 包的一个重要的功能是，能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释，以...

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前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...

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文献 1标题：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea[https://www.natur...