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全基因组关联研究（GWAS）已经确定了数千种与许多复杂特征相关的遗传变异。然而，它们的生物学机制在很大程度上仍然是未知的。最近提出的全转录组关联分析（transcriptom...

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韦恩图，Venn diagram，常用图的一种，用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制，但是R来画也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的专门...

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前言 我们知道GWAS描述的是snp与表型之间的关系，即利用线性模型寻找与某种性状显著相关联的位点。但是发挥生物学功能的往往是蛋白质，蛋白质是由转录本翻译而来，那么建立基因表...

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“MEGA是一款免费的生物信息学软件，可以用于分子进化的各个方面，包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件，MEGA还可以用于处理分...

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网络上关于构建进化树的教程非常多，这里只挑重点部分讲解。 常见算法：Neighbor-Joining、Maximum Likelihood 1. 参数设置： Test of ...

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此处与云养江停的文章有略微差距 一.SNP calling 参照文章gvcf文件与vcf文件 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...

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一、Fst含义 群体间遗传分化指数（Fst）：是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。Fst居于０~1之间，越接近1表示两个群体之间分化程度越大，受选择程...

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基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...

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距离上一次写博客，已经是上一次了。 之前已经有生信菜鸟团前辈写过关于Treemix的分析，但值得关注的是，现在的软件大部分都只适用于二倍体，那今天介绍一下四倍体怎么进行Tre...

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TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下载文件夹中......

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此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。GWAS的实战视频https://www.bilibili.com...

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GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一个R包，使用Gapit可以进行全基因组关联分析和基因组预测（选择...

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GAPIT（genome association and prediction integrated tool）华盛顿大学等于 2012 年开发的软件（软件主页：http:/...

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2.1 准备表型数据 第一行是表头，第一列是个体号，其余每一列一个表型，Tab键分隔。 2.2 准备基因型数据 可以接受 standard HapMap format 或 n...