前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析 -
Linux中pong 的安装和使用引言 pong可用于admixture结果可视化 官方网址：GitHub - ramachandran-lab/pong: Fast analysis and visuali...
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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DRAGEN: 硬件和软件共同加速的变异检测工具
这是一篇工具介绍贴，考虑这个工具是要钱的，那些动不动就说别人忘了初心的用户肯定认为我写的是软文，所以这些人就不要继续往下看了。 变异检测的软件目前虽然有很多，SAMtools...
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”写在前面 终于到了这一天，我又捡起了七八年做群体分析的技能....只是那会我画图就用 ggplot2，而现在我只用「TBtools」。基于重测序数据的群体结构分析，很多时候，...
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遗传多样性软件 CLUMPAK 使用说明CLUMPAK是一个perl脚本，需要提前按照说明书使用cpanm或conda安装所需模块官网[http://clumpak.tau.ac.il/index.html] st...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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Tips | 基于物种科学双名列表获取物种进化树（带推测的演化时间）~Emmm，相关推文前述邀请了朋友写过，不过今天老邱问我能不能优化一下 TBtools 的进化树解析功能时，我还是看了一下，发现，用「TimeTree」网站，基于物种双名获取一...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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【群体遗传】选择信号分析-Fst、Pi1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
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Ks值用TBtools计算不出来？讲一个故事Ka，Ks（或Dn，Ds），这两个值以及他们的比值分别被赋予了一定的生物学意义。其中最为常用的是两者的比值，存在这么一种常见认知： ka/ks>>1 正选择 ka/ks~1 ...
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高速！大规模 (10w+) 基因对 Ka/Ks 计算工具 - TBtools写在前面 目前还是在继续整一些擦边“比较基因组”的工具。前段时间停下来，原因只有一个：我发现 TBtools 的Simple Ka/Ks Calculator 速度确实不够快...
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全基因组复制 WGD |（一）简介
01 什么是全基因组复制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复，...
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KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安装与使用（搭配ParaAT）1 介绍 参考文献：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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3.1 GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理精确的表型检测是关联分析的关键，GWAS对数量性状和质量性状都适用。 1.各类性状的特点及鉴定与考察建议 2.表型的基本处理 2.1 正态性检验 关联分析属于线性模型，要求...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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启动子顺式作用元件 之 PLACE数据库是怎么用的？？写在前面：如果你不知道顺式作用元件是什么？请翻阅之前的文章：顺式作用元件的认识、查找、分析 正文在这：今天有一个小伙伴在公众号私信问我PLACE数据库怎么用 然而对于长期使用...
