求问老师，特定基因的剪切状态，velocity动态以及表达情况 这些图要怎么理解啊？
单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具什么是RNA 速率（RNA velocity） RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。 随着令人震惊的发现，未剪接和剪接的mRNA丰度可以在标准的单细prot...
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请问楼主解决这个问题了吗？我还是没解决诶
Cannot find UMAP, please install through pip (e.g. pip install umap-learn or reticulate::py_insta...
问题Cannot find UMAP, please install through pip (e.g. pip install umap-learn or reticula...
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请问博主，字符型变量什么时候转换为factor，什么时候转换为dummy呢
tidymodels包学习实录-2（ preprocess your data）
本次的部分为数据预处理相关内容 由于最终的结果变量为二分类，因此我们采用逻辑回归模型进行拟合
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大神你好，请教一下！我对于pathview的理解是：通路的gene/copmpound等分子物质的相互作用是数据库已知且明确的，我们只是把我们分析的差异基因的fold change或基因的其他任何信息（p值或者correlation值）展现在这个通路上，对吗？谢谢！
【Pathview web】通路映射可视化
前言 pathview是一个通路可视化友好的R包，最主要的是它支持多组学数据映射（基因/蛋白-代谢）。自己用过它的R包，后来发现有网页版的，果断介绍给学员。因为不常用，记录要...
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请问博主，plot绘图怎么添加显著性标记呢？谢谢
R基础绘图包之plot及参数
这篇文章可以让你学到什么？ 可以让你把这样的图： 通过设置各种参数修改为这样自定义的图： 一、 本文使用的数据 我们使用R内置的数据集Chickweight来进行画图的学习，...
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小洁老师，您这里的方法 我的理解是，通过差异分析得到关键的mRNA，再通过数据库有的mRNA和哪些miRNA有调控关系，进一步miRNA和lncRNA有哪些调控关系，找出这些miRNA lncRNA后，再通过cytoscape可视化对吗？全过程不需要用到表达矩阵。
我看到有人做ceRNA会把差异的mRNA、miRNA、lncRNA都找出来，然后计算表达矩阵的相关性，把显著相关的相互作用对筛选出来做cytoscape。
请问这些方法之间，哪种比较被公认呢？谢谢从mRNA到ceRNA network
ceRNA 最近被玩的很多，构建的方法很多，这个是我这几天探索觉得比较好用也比较省力的，分享给大家。我已经把代码 数据 文件打包好了，在生信星球公众号后台回复ce657即可获...
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这个函数基于23版本吗？那TCGA的数据可以用这个转换吗?
TCGA的ID转换可以一步到位了
0.背景知识 TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensamble id，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecode V22，xena重新分析的TCGA+...
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@小洁忘了怎么分身 有道理啊！
从mRNA到ceRNA network
ceRNA 最近被玩的很多，构建的方法很多，这个是我这几天探索觉得比较好用也比较省力的，分享给大家。我已经把代码 数据 文件打包好了，在生信星球公众号后台回复ce657即可获...
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@生信start_site 请问博主，如何加入TF和lncRNA做调控呢？谢谢！！
GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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小洁老师，请问这里用的RNA数据是count还是FPKM，还是TPM呢？miRNA用的是前体还是成熟miRNA?
从mRNA到ceRNA network
ceRNA 最近被玩的很多，构建的方法很多，这个是我这几天探索觉得比较好用也比较省力的，分享给大家。我已经把代码 数据 文件打包好了，在生信星球公众号后台回复ce657即可获...
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@王诗翔 请问一下TCGA如何获取HAPSEG或AllelicCapseg输入的allelic数据呢？谢谢！
解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
