2018年6月Nature Methods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KE...
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GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具 -
Augur || 寻找最先对实验条件做出响应的细胞亚群我们提出了Augur，一种在单细胞数据中对生物扰动最敏感的细胞类型进行优先排序的方法。Augur采用了一个机器学习框架来量化高维空间中扰动细胞和未扰动细胞的可分离性。我们在单...
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iMAP: 单细胞数据整合工具天花板说在前面 Immugent在前段时间的一篇推文中：SciBet:一个软件解决单细胞注释所有烦恼[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4Mj...
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单细胞数据挖掘的起点：你的单细胞数据中到底有哪些细胞类型?
单细胞转录组测序技术的普及，为生命科学的研究提供了全新的手段。基于高通量单细胞转录组测序，既能发现特定组织中可能的细胞类型，也能了解不同细胞组成上的差别，更能通过基因表达图谱...
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ggplot2做分组箱线图，添加bar和均值并修饰图形并不觉得ggplot2作图多好看，尤其是箱线图和柱状图需要大量的修饰，现在介绍ggplot2做分组箱线图，添加箱子的bar和均值的几个函数 stat_boxplot() 函数...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图论文 Pan-African genome demonstrates how population-specific genome graphs improve high-t...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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Seurat,Harmony,LIGER 三种整合软件比较
常见问题： 1）Seurat CCA整合分析后什么情况下用RNAassay，什么时候用intergratedassay？ conserved cell type marker...
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Scillus：一个R包解决单细胞数据分析的所有美图说在前面 单细胞数据分析发展到现在越来越平民化了，如今对于很多小伙伴来说，入门单细胞数据分析要比几年前简单多了，这主要得利于很多轻便而且一站式的单细胞数据分析软件的使用，其中...
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要解决问题2022.04.05
1、多样本读取与创建对象 参考:Seurat包之导入单细胞数据方式汇总[https://www.jianshu.com/p/5b26d7bc37b7]SingleCellEx...
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ggplot作图问题：科学计数法和标题换行真的是实践出真知啊，很多小细节问题，平时自己作图的时候也没有注意过，更没有思考过。最近小伙伴找作图，在小伙伴的仔细琢磨下，也是发现了平时没有注意的小问题，这里提示下，希望对你...
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可视化系列【四】：跟着Nature Communications学画图：蜂巢图不积跬步，无以至千里 本期我们尝试复现2023年3月31日发表在Nature Communications上的TRABID overexpression enables sy...
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跟着高分SCI学作图 -- 复杂热图+渐变色连线从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看...
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nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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GENIE3 || 基因调控网络推断前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应[https://www.jianshu.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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单细胞数据分析之蛋白活性推断篇作者，Evil Genius 世事无常 315打假日 2月26日获知家里电信诈骗，到今日过去了17天，从一开始的震惊，到冷静也仅用了3天， 我特别感谢那些帮助了我的人，很多...
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对于单个单细胞样本，多少的测序数据量才合适前言，今天刚好在群里看到有人问“请问10X一个样本测多少个G比较好”，群主给出了答复，但是我对300这个数怎么来的还是不理解，出于好奇心，于是去查了一些资料，最终理清楚了。 ...
