1.加载数据 2.执行默认的差异表达测试 Seurat 的大部分差异表达特征可以通过“FindMarkers()”函数访问。 默认情况下，Seurat 基于非参数 Wilco...
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单细胞测序之差异表达基因获得方法
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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（RNA-seq工具比较）edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较文章目录 加载R包和输入数据 表达数据整理3.edgeR包做差异表达4.limma包做差异表达5.DESeq2包做差异表达6.比较三种包差异表达基因筛选结果 1. 加载R包和...
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使用edgeR进行无重复差异表达分析写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...
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【客户文献解读】基于iTRAQ定量蛋白质组学揭示了沙雷氏菌CM01的蛋白质组学变化及Cr(Ⅵ)抗性机制
本期解读 iTRAQ-based quantitative proteomic reveals proteomic changes in Serratia sp. CM01 ...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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【R画图学习22.1】进化树和气泡组合图今天学习绘制下面这个paper里面的一个图。 从图中，可以看出，图片分成2个部分，左边是进化树，右边是类似气泡图。 下面我们用一组简单的文件进行测试： 进化树文件： (((A...
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单细胞WGCNA分析(1)我在前面也分享过几篇关于WGCNA的帖子，其实WGCNA本身就是对基因进行了加权共表达，合理分组的结果。 如果对于一个表达量矩阵，本身就至于2个分组，WT和处理，那么简单的差...
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Phylogeny系统进化树的一键化构建——Perl_pipeline背景 一行命令构建系统进化树。其实这个想法去年的时就开始构思了。当时在给师兄师姐帮忙构建几个基因家族的系统进化树，还是用着以前本科时候就学会的几个Windows下的建树软件M...
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meme CentriMo富集 motif匹配序列的获取背景 当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令 会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_c...
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使用Cytoscape中的Enrichmen进行富集分析可视化tMapEnrichment Map是一个用于功能丰富可视化Cytoscape软件的插件,必须使用任何可用方法在EnrichmentMap之外生成富集结果。将基因集（例如通路和Gen...
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Cytoscape基础教程笔记测序-转
文章目录 第一课 新手上路 第三课 获取外部数据 第四课 表达分析 第五课 使用Agilent Literature Search插件 第六课 GO分析 第七课 模块和复合物...
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CHIPseq流程1. 环境配置 2. 数据下载 (1)prefetch下载 首先找到要下载的数据（SRR...号）创建project文件夹 利用chipseq环境中prefetch 软件进行...
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跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO) “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.1016/j.cell...
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PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
欢迎关注”生信修炼手册”! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法...
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R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子部分示例数据如下 第一列是数值 第二列是处理一-第三列是处理二 最终出图如下 这里自动做统计检验的函数是 stat_compare_means() 首先是做箱线图和小提琴图的...
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chromosome---基因家族成员在染色体上的分布及共线性图首先介绍如何在染色体上标注基因家族成员位置。先上图： 要实现这个图需要准备两个文件，一个基因组格式化的fai文件，该文件的获取在： 需要注意的一点是，有些同学可能动过了自己的...
