经典的GWAS原理图，补一个在这里 GWAS是找与当前性状相关的snppheWAS是找与当前snp相关的性状 那么这样看，GWAS可以通过单个研究来做，pheWAS基本上就是...
发简信
IP属地：重庆
-
【MR】pheWAS -
单细胞RNAseq常规分析流程（10X）降维聚类，类型鉴定，差异分析 近年来，单细胞测序的成本逐渐降低，使得大众研究从组织水平转移到单个细胞水平的分析成为可能。本文主要是简单介绍一下SingleCellRNAseq...
-
孟德尔随机化发高分SCI必备的一些基本概念及计算-MAF
大家好，孟德尔随机化很多人都是从TwoSampleMR包入手学习的，很多GWAS的概念如果不搞清楚，写SCI的时候容易犯一些概念性的错误，低分的杂志可能大家都很水，可能也就一...
-
拯救你那些富集不到结果的基因数据整理 因为这个是我学生的真实数据，所以就不方便放出来给大家做示例文件了，可以只看代码，或者拿自己的数据练练手。 975个基因做不出GO富集，我的第一反应是孩子学艺不精，然...
-
-
多组学水平的孟德尔随机化分析+three-step SMR 应用实操
多组学分析：在基因表达、表观遗传、蛋白、单细胞及微生物组学等水平上，利用组学数据比较不同组学水平的疾病和健康对照，从而鉴定潜在的致病机制。 药物靶点孟德尔随机化分析：探究是其...
-
生信数据库ID大总结&ID转换方法
首先介绍下各个ID的转换，比较便捷的有： 1.在线的：Uniprot ： ID mapping 工具，可以批量转换和下载https://www.uniprot.org/id-...
-
论孟德尔随机化与单细胞联合研究的可能性因为我自己研究的领域跨单细胞、QTL、以及孟德尔随机化，所以就一直在思考这个问题：单细胞能不能和孟德尔随机化联合起来研究？ 这方面的文章或者研究比较少。两个组学能够联合我能想...
-
GWAS分析-P值和beta值的爱恨相杀 (六)前面已经简单介绍过GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值，他们分别代表什么意思？这两个值又有什么关系呢...
-
R 数据可视化 —— ggforce（形状）前言 ggforce 是 ggplot2 的一个扩展包，提供了许多自定义的工具函数，可以更方便地为图形添加不同的形状、线条等注释，更灵活的分面图形绘制 使用 安装使用 1. ...
-
基因芯片数据分析-2: Quantile normalization
分位数归一化就是将多种分布映射到同一种分布。可以指定一个参考分布，将其映射到其它的统计分布；或者从需要处理的这些不同数据中计算出一个参考分布。 原理实现： 存在一个原始数组如...
-
-
R程序执行结果的输出sink()内容来自：《R语言数据挖掘》第2版 薛薇 编著 R程序的执行结果默认输出到控制台上。当处理的数据量较大，计算结果较多时，往往希望在计算结果输出到控制台的同时，将其保存到一个指...
-
孟德尔随机化法（Mendelian randomization method）写在前面：知识真是越看越多，聪明的人类总能想出各种办法来寻找这世界万物中的各种联系。文献中读到Mendelian randomization method and a Men...
-
生信笔记5-GWAS与eQTL引言 GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。 GWAS 全基因组关联分析（Genome Wide Association ...
-
eQTL就那样～（2）前言 我还未想到这个专题叫什么...... 暂定“XXX就那样”？ 6.GTEx数据库是什么？ “人类GWAS-转录组-疾病表型补完计划”，噢不，基因型-组织表达计划（G...
-
一个暴露对应所有结局-孟德尔随机化研究发nature communications大家好，好久不见。休息了一段时间，同时去找工作去啦！今天我们来看一篇难度不高，但是工作量不算小的文章，同时学习一下怎么提升自己孟德尔随机化研究的level。文章：Geneti...
