自从seurat V5更新之后呢,很多小伙伴,初学者居多吧,都有点不适应,再加上网上有些人的“煽风点火”,导致大家望而却步,好像这次更新非常可怕一样。其实不然,seurat的...
常用的细胞通讯软件:CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]:是公开的人工校正的,储存受体、配体以及两种相互作用...
关于单细胞气泡图的做法,我们写过很多很多,但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据,然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
搬运自哈佛生物信息课程:《Introduction to Single-cell RNA-seq》链接:https://hbctraining.github.io/scRNA...
一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起,不考虑去除批次效应,样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应,不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...
本教程中,我们将学习使用Seurat包进行数据可视化的常用方法。 加载所需的R包和数据集 五种常规的Marker基因表达可视化类型 New additions to Feat...
这是我听B站鲮鱼不会飞视频(R与Bioconductor的入门课)里的笔记哦~ Bioconductor是什么? Bioconductor是一个专门做生信R包的平台,可以把它...
Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化,并且这一个函数可以代替三个函数(NormalizeData, ScaleData, FindV...