参考文献[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人员获得从基因组规模产生...
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单细胞差异基因EnrichmentMap使用教程 -
UMAP图上同时展示多个marker基因
最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。 首先，Seura...
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seurat V5升级：一些常见报错1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratO...
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Velocyto: 提取剪接矩阵官网：http://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html[http://velocyto.org/velocyto.py/tu...
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热图去掉聚类树但是保留聚类
看到这个问题，你可能搜了好多答案，比如 热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？ - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e...
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R语言 ggplot2 中为分面添加不同注释R语言中分面是一个很好用的功能，尤其是在处理多组数据时。可以很好地将图分割成多个分面，展现数据的子集特征。 比如说： ggplot(mpg, aes(x=displ, y=c...
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2022-11-30 error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'colSums': no ...
在seurat分析单细胞数据的时候，用了PercentageFeatureSet这个函数，报错了： Error in h(simpleError(msg, call)) :e...
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使用pyGenomeTracks绘制表观展示图pyGenomeTracks是什么 首先在介绍pyGenomeTracks之前， 先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的应该就是...
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scATAC-ArchR软件如何更准确定义特定细胞群/celltype的组间差异peaks？
最近在做某类细胞亚群细分时特定群的组间差异peaks时，发现了以下几个方面的问题：以下是参考脚本getMarkerFeatures[https://www.archrproj...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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谢谢博主好用心的整理
使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第七章)
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第七章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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R语言批量爬取NCBI基因注释数据网络爬虫（web crawler），也叫网络蜘蛛（spider），是一种用来自动浏览万维网的网络机器人。其目的一般为编纂网络索引。各大搜索引擎都可以被看做爬虫，根据爬取的内容...
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Error in table(sample_type[match(x, names(sample_type))])[[type.1]] :
subscript out of bounds
Calls: PlotDensity -> lapply -> FUN
Execution halted
大神，为啥不管我如何尝试，总报这个错啊😂umap图中绘制样本类型的密度分布
加载所需包 加载函数 res：分辨率越高density的单位面积越小，根据细胞数目取值从10-100 type.1和type.2分别为sample_type的两个因子 typ...
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这个小工具好好用，可能就是没有可视化的图，使大家没有发现你
umap图中绘制样本类型的密度分布
加载所需包 加载函数 res：分辨率越高density的单位面积越小，根据细胞数目取值从10-100 type.1和type.2分别为sample_type的两个因子 typ...
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umap图中绘制样本类型的密度分布
加载所需包 加载函数 res：分辨率越高density的单位面积越小，根据细胞数目取值从10-100 type.1和type.2分别为sample_type的两个因子 typ...
