五.种群历史与基因交流 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jianshu.com/p/0147af...
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二代群体遗传与重测序（下） -
第九章 多变量群落分析1微生物群落研究的主要目标是比较不同群落的组成(β多样性)。在第6章介绍了β多样性，并举例说明了如何计算β多样性指数。得到β多样性指数后，可以对其进行统计分析。微生物群研究中的...
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用R中iheatmapr画交互式heatmap我之前写过一篇用R中pheatmap画heatmap这篇实践一种交互式的方法 iheatmapr参考这里：iheatmapr包：可交互的热图绘制方法——生信宝典iheatma...
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R包vegan的Mantel testsR包vegan的Mantel tests Mantel tests是确定两组距离测度矩阵（而非两组变量矩阵）之间相关性的相关性测试方法，用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵...
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如何利用NR库快速进行物种鉴定
作者：charon审稿：童蒙编辑：angelica 引言 在做基因或者蛋白质功能注释的时候，NR数据库包含非常重要的信息。但是有没有人跟我一样遇到相同的苦恼，就是在运行的时候...
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ggplot2绘制一个高端的venn图
venn图在论文中的作用与地位也许不如其它图形那么重要，因此本文主要不是教大家如何画一个高端的venn图，而是通过整个画图过程中的代码来介绍一些重要的画图函数而已，希望各位观...
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ggplot2绘制最美版相关性热图本节来解答群中小伙伴的一个问题，绘制一个更富有美感的相关性热图，在原有的画图基础上加了一下小小的改动https://mp.weixin.qq.com/s/FrPaME-OwI...
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ggplot2绘制进阶版物种组成图
之前写过一些微生物多样性的后续可视化的文档，感觉当时水平有限写的一般般没什么新意，今天重新来进行一下数据可视化分析，绘制一张更加富有美感的物种组成图，喜欢的小伙伴可以加入的我...
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微生物多样性qiime2分析流程(9) 数据可视化分析(中）之绘制相关性热图前面介绍了微生物多样性如何整合数据并进行了基础可视化分析，现在让我们开始进行更加深入的相关性分析和差异分析（相关性热图，RDA，CCA，Lefse） 1. 相关性热图 一般我...
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微生物多样性qiime2分析流程(6) 数据可视化分析(上）在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了phyloseq对象，接下来先让我们进行一些基础的可视化操作....
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一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)
之前写过一系列qiim2的教程都是零零散散的记录，里面也有不少命令打错的步骤给各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11发布，所以就在重新总结一次，这次稍后...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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从fastq到群体结构分析软件及命令行实现
比对分析 bwa 排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序 进行捕获数据的提取和统计 去除重复区域 统计深度信息 建立索引 变异检测 gatk进行单个样品gvcf检测 ...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
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win10下wsl2（Ubuntu）搭建及docker安装、zsh&&cmder终端美化1.前提条件 Windows 10 Build 18917或更新版本。 Hyper-V虚拟化。注：有些电脑需要进BIOS开启虚拟化，我公司的电脑就是。 2. 步骤 启用虚拟机...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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全基因组组装，注释与评估软件集锦（更新于2020.03.20）
1.Assembly 1.1质体基因组 1.1.1NOVOPlasty program language：Perl Reference： 10.1093/nar/gkw95...
