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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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请问序列名称显示的不完整怎么办？
ClustalX+GeneDoc绘制多重序列比对图
多重序列比对是对三个以上的生物学序列所作的序列比对。利用ClustalX可以进行多重序列比对，结合GeneDoc可绘制出漂亮的多重序列比对图，满足高质量期刊的要求。 ...
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请问你解决了吗？我也去遇到相同的问题
GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图
由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进...
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手把手入门--DESeq2差异基因分析准备工作 需要你先安装好R-3.6.0 、Rtools-3.5、Rstudio，这是基本的运行环境。 然后再此基础上安装DESeq2 的R包。 >Install.packag...
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基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果...
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ID转换大全-4-基因的转换
参考https://vip.biotrainee.com/ 基础知识参见： NCBI的基因entrez ID相关文件介绍 ID转换大全 生信人必须了解的各种ID表示方式 其实...
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[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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强强联合的基因ID转换刘小泽写于2020.5.28Ensemble转Symbol其实不是这么简单，问题百出，需要留意 0 今天遇到一个需求，先来看看 有这样的四个文件，每个文件中都有两列Ensem...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可...
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
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RNA-seq分析简洁版前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分析，不在赘述细节，所以有看细节...
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RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
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非模式生物基因GO富集分析：以水稻为例
模式生物做什么都简单，非模式生物则很多缺少注释，没有注释你就没法做，只能是借助于各种软件比如blastgo，自己跑电子注释。但今天要讲的不是这种情况，很多物种还是有注释的，只...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH8：GO分析直接上操作吧 然后就可以画图了，我们这里用ego_bp来画 目前就先写到GO吧。匆匆学习终究还是只得皮毛，权做日后复习只用，希望日后继续把这个坑填完
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2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...
