准备工作 需要你先安装好R-3.6.0 、Rtools-3.5、Rstudio，这是基本的运行环境。 然后再此基础上安装DESeq2 的R包。 >Install.packag...
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手把手入门--DESeq2差异基因分析 -
基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果...
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ID转换大全-4-基因的转换
参考https://vip.biotrainee.com/ 基础知识参见： NCBI的基因entrez ID相关文件介绍 ID转换大全 生信人必须了解的各种ID表示方式 其实...
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[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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强强联合的基因ID转换刘小泽写于2020.5.28Ensemble转Symbol其实不是这么简单，问题百出，需要留意 0 今天遇到一个需求，先来看看 有这样的四个文件，每个文件中都有两列Ensem...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可...
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
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RNA-seq分析简洁版前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分析，不在赘述细节，所以有看细节...
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RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
