或者有的gff最后部分是scaffold部分，需要删掉吗
基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
发简信
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我想问下gff文件有的在后面会有未鉴定出染色体组的那部分，需要删掉这些吗
DupGen_finder安装及使用
串联复制(Tandem duplication) ：串联复制主要发生在染色体重组区域，串联复制形成的基因家族成员通常紧密排列在同一条染色体上，形成一个序列相似、功能相近的基因...
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我想问下gff文件有的在后面会有未鉴定出染色体组的基因，需要删掉这些吗
基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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@沉_0cb2 你好，我是把七百多条序列的fasta文件放入查找，设置的是5条motif，结果也出来了，但是各个motif的功能什么的信息都没有呀，那怎么分析
MEME在线网站查找motif步骤
小白日记第一天，记录一下自己查找motif的步骤，以便日后忘记了再重学。之前也用过许多软件，都是在要用的时候上网上各种搜索操作步骤，边学边用，只顾获得结果了，从未意识到要将操...
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@BeeBee生信 不是研究人的话是不是可以不做这一步，直接用转录组数据跑，然后libtype用A可以嘛
Salmon 进行转录本定量
Salmon 是转录本定量软件，使用转录本定量主要优点一是更准确，比如不同样本同一基因使用不同 isoform 此时基因长度并不相等，直接基因定量无法顾及；二是方便进行可变剪...
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你好，如果基因组没有标明primary怎么办，就像ncbi里直接就写的genomic.fna
快速计算基因表达软件：Salmon
我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上，然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。 但最近在做小RNA分析时却遇到了没有参考基因组注释文件（g...
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我的挣扎 与 TBtools 的开发到底还是写了一篇推文，却着实想不到一个合适的题目。可能这是我写过最长的一篇推文，约莫万字。这篇推文的主要内容应该包括： TBtools 开发为了什么？ TBtools 是怎么...
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「TBtools」提取的 CDS 序列 ID 很复杂，怎么办？写在前面 做生信数据分析时，最常遇到的问题，仍然是文本处理。主要原因简单，我们永远不知道上一个人会给我们什么样的东西，而我们要的又常常不是他们给的。基于 GFF 提取 CDS...
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@Charon_7db5 可以的，利用基因组fa和gff文件提取
生信小白如何在半年收到核心期刊录用证明顺利毕业！！！（基因家族成员的确定）
一篇生信家族的文章比较重要的一步是家族成员的确定，所有基本分析和进化分析都是基于此。 前面推文提到本人的参考物种是模式植物拟南芥，因此我首先下载了很多关于拟南芥的综述类和研究...
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请问博主可以直接用gffread提取的pep序列吗
生信小白如何在半年收到核心期刊录用证明顺利毕业！！！（基因家族成员的确定）
一篇生信家族的文章比较重要的一步是家族成员的确定，所有基本分析和进化分析都是基于此。 前面推文提到本人的参考物种是模式植物拟南芥，因此我首先下载了很多关于拟南芥的综述类和研究...
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《TBtools Cookbook》- 写给「TBtools」所有用户的参考手册关于 TBtools，我们已经聊得太多。前前后后应该也有数百篇推文，正好对应了 TBtools 数百个功能。我也曾经提过，推文当然好，但能起的作用，是宣传。如果说有记录的功能...
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NCBI下载SRA数据1.使用官方的工具包 SRA Toolkit 下载 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github.com...
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NCBI原始SRA数据下载
下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使...
