该系列主要介绍了 MUMmer 软件下核苷酸序列比对程序 nucmer 的使用，计算操作见前两篇推文； 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
发简信
IP属地：福建
-
序列比对软件 MUMmer 结果文件解读（三） -
40年来，我人生最大的成功就是遇到我老婆。
40年来，我人生最大的成功就是遇到我老婆。 2012年～2014年，是我人生中最黑暗的时刻。 2012年，我28岁。 那一年，我失业了。 不是简单的失业，是被单位裁员了。 2...
-
基因组比对文件（SAM/BAM）中 Soft Clip 与 Hard Clip的含义描述Clip 的含义： Clip 作为名词讲，有剪下来的东西的意义，在SAM/BAM 比对文件里面，用于描述那些一条序列上，在序列两端，比对不上的碱基序列（还是很形象的，一条上比...
-
2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合基因组学导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众...
-
mamba极速安装conda包
conda有的时候真是太慢了，无论怎么改镜像，有的时候真的是慢的想让我炸掉电脑（看着那个不断旋转的圈圈就是蛋疼无比）。所以就有人提出了解决方案，那就是mamba。 有的人可能...
-
Paragraph对SV进行基因分型基于重测序数据用于对sv进行genotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...
-
【如何使用Jellyfish进行Kmer频数统计分析？】2022年版本
软件概述 将基因组等序列文件，按长度为K的字符串进行切割、归类以及频数统计。 软件安装 软件版本：2.3.0 软件使用 可以直接查看帮助文档：man jellyfish 接下...
-
【生信知识】---Nanopore测序的SV Calling流程搭建！
1.软件安装安装序列比对软件LAST 安装sam格式处理工具sambamba 安装bedtools 安装结构变异识别软件NanoSV 2.数据测试构建用于last比对的ref...
-
VCF变异统计及绘制染色体分布图VCF文件的变异分布图，除了使用Circos图之外，统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图，为了节省时间，实现统计及绘图的自动化，现提供统计数量用的Python...
-
R语言读取gtf文件这样读取gtf文件回比直接使用read.table()好，因为生成的dataframe能够比较清楚地分开，并且有title。 除了import函数，rtracklayer包中...
-
从gff3/bed提取intron坐标及正负链信息工具： bedtools subtract ref：Example usage — bedtools 2.27.0 documentation 注意：分隔符需要是\t 原理：...
-
fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...
