写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤 -
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将...
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monocle单样本拟时序分析0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。 如果让ai来说拟时序的目...
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R语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] 热图输入的数据是数值型...
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CellRanger原理0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套针对单细胞 RNA 测序输出结果进行比对、定量、聚类及基因表达分析的分析流程，它包含有与单细胞...
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推荐几个细胞注释网站细胞注释是单细胞分析中很关键的环节，初期会比较痛苦，做多了才会悟出一些规律。 我公众号早期写过几篇细胞注释相关的帖子： 单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释 S...
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