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2022-04-27使用 GSDS 绘制基因结构图GSDS[http://gsds.cbi.pku.edu.cn/] 是由北京大学生物信息学中心提供的用于显示基因外显子、内含子、保守元件的组成和位置的一个在线服务，全英文界面...
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植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
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基因家族分析1 || 基本概念及数据下载基本分析内容 • 基因家族概念• 数据库检索与成员鉴定• 蛋白成员基本特性和基因结构分析• 多序列比对和进化树分析• 保守结构域和模体分析（motif注释...
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基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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基因家族分析（3）进化树构建及美化基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐，使得相同残基的位点位于同一...
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基因家族分析4 || 多序列比对和进化树分析
基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） 基因家族流程：基因家族分析（三） ====================================...
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基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...
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motif分析-MEME
1 什么是motif分析 在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。这些...
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meme CentriMo富集 motif匹配序列的获取背景 当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令 会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_c...
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MEME Motif分析的并行运算
MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要...
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Linux 环境变量配置全攻略
Linux环境变量配置 在自定义安装软件的时候，经常需要配置环境变量，下面列举出各种对环境变量的配置方法。 下面所有例子的环境说明如下： 系统：Ubuntu 14.0 用户名...
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RAxML建最大似然树教程（Linux）
RAxML最新的帮助手册下载网址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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基因家族分析（3）：序列比对与进化树构建本文主要工作：(1) 按前期处理凤梨所需分析数据下载并处理拟南芥分析数据(2) 对拟南芥和凤梨 SBT基因家族cds序列进行比对，并构建进化树文件 3.序列比对与进化树构建 ...
