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曼哈顿图--R可视化曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qq...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 将vcf文件格式转化 第二步：使用如下R脚本将变量表转换为hapmap。 注意：仅仅在单倍体，双等位基因型SNP中得到...
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重测序分析（17）GWAS分析实操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效应线性模型来测试分离位点和表型之间的关联。该分析可以选择使用指示基础总体成员程度的协变量来考虑总群结构。仅主效应模型是使用输入数据中的所有变量自动构建的...
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使用HMM进行基因家族鉴定？无人不能。写在前面 很久很久以前，各种原因，我写过一个帖子，《零基础-完全重现某个基因家族分析文章（的分析部分）》 https://www.jianshu.com/p/88075f6c...
