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前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是遇到了一些问题，现在把自己的流...

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以前做序列比对通常都是MEGA来做，然后有时候会用genedoc来展示，但是经常碰到一个问题就是没办法得到矢量图。所以一直在想用R能不能展示多序列比对的结果，尤其是核心关键d...

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简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...

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在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...

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1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...

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scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...

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挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....

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RNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...

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今天要复现的图来自2019年的一篇Nature。也是非常经典的一篇组学文章。文章其它的图都比较常见，Fig1还是比较有意思的，咱们今天就来复现一下。 DOI: 10.1038...

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跨物种单细胞测序发现了一类具有抗原提呈作用的肿瘤相关成纤维细胞（apCAF）。 该文章在2019年发表于Cancer discovery，影响因子29.497，作者为冷泉港实...

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hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...

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