看过很多GEO数据挖掘的教程，一直都是芯片数据举例。我自己也根据流程（Taolu）分析过好几个geo芯片数据。一直有个疑惑， GEO上都是芯片数据吗？ GSE开头的都是芯片数...
发简信
IP属地：香港
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GEO上都是芯片数据吗？GSE开头的都是芯片吗 -
数据分析：基于GSVA的通路富集分析与传统的Over Representation Analysis: the up- or down-regulated DEGs和Gene Set Enrichment An...
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eQTL归纳几篇eQTL相关文章。 1.转自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个...
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表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析
表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）是一类能够影响基因表达量的遗传位点（大部分都是单核苷酸多态性，SNP），...
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生信笔记5-GWAS与eQTL引言 GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。 GWAS 全基因组关联分析（Genome Wide Association ...
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网页在线做富集分析用clusterProfiler做其实够用了，网页在线做没多大必要，能够起起对照作用吧。网页在线做，后续挑出自己想要的模块，会方便一些，但自己用包做手动挑也还好。记录这篇，...
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041 | 生信SCI-生信分析后，实验该如何验证？
常规3个验证思路： 1）高通量的生信数据挖掘的结果，用低通量的实验技术去验证，也就是我们常规说的，qCPR,WB/IHC简单验证下筛选出hub gene或者单基因的表达水平（...
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STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，...
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WGCNA分析教程五 | [更新版]一边学习，一边总结，一边分享！ 往期WGCNA分析教程 WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一[https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-6...
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转载：GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbolGPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbol 原文出处[https://www.bioinfo.info/?/question/6112] ...
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getGEO exprs读取 行名缺失【已解决】【问题】 library(GEOquery) Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE)#文件夹中有会直接...
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如何成功getGEO通过加载GEOquery包，使用getGEO函数可以得到对应GEO号的表达矩阵，注释信息，样本信息等。以GSE76275为例。 然而由于网络等问题，getGEO函数可能会出错...
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GEO数据集中有不同平台的数据该怎么处理2021-01-28
这样的代码是不是很熟悉？没错就是下载GEO数据集，那如果一个GEO数据集里面有2个平台或者更多呢？开始没想明白，其实很简单啊，eSet 里面包含的是列表啊，通常只有一个数据集...
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一个GSE有两个GPL该怎么办莎莎写于2020.5.7✍今天上午10点钟准时就醒了，然后和室友磨叽半天去实验室打扫卫生，然后签了字就偷偷溜了😄然后回到中校区买了超级甜的哈密瓜🍈还有火龙果，沃柑，一共是30...
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下载bioconductor的包掉坑总结
下载bioconductor的包一直用的是三部曲策略，但是最近问题不断，才知道人家已经更新换代了，现在只需要两步就可以了，而且在这个出坑的同时也发现在bioconductor...
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通过5步，学会处理从GEO数据库下载的数据集，做出精美结果图往期文章链接 如何从GEO数据库下载数据[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTcxMTkwOA==&mid=2247496648&id...
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985医学博士姐妹花 专注医学数据分析 课题方案设计 SCI组稿编译。全网同名
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临床预后信息是在哪呢
十一步带你解构GEO分析常规流程（一）
PDAC数据分析-GSE16515-GPL570 致读者语：本人接下来的九篇GEO解析文章将基于此，不断进行迭代，尝试让核心步骤、让图文与让结构更加美观,让读者与自身更能直击...
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