拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程 -
周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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无痛解决基因全称与缩写的转换
“山穷水尽疑无路，柳暗花明又一村” 某天，想收集一类药物的作用靶点，上了Drugbank获取了全部数据，加载到R中，解析出来后蒙圈了，它居然一个基因靶点对应了多个名称。这就很...
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在校医学生～
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R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO
1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况） 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway analysis 做KEGG数据...
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一起学生信。
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R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
一、读取文件，ID转换 1.读取文件 2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr()函数，bi...
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生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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本博客纯属胡说八道，有疑问还请自行翻阅相关资料
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RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
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GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)富集分析方法 ORA Over-representation analysis过表达分析，常见的是GO富集分析和KEGG富集分析； FCS functional class ...
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再急也要慢慢来
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使用monocle包进行pseudotime分析
欢迎关注”生信修炼手册”! monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包，提供了聚类，pseudotime, 差异分析等多种功能，该项目的网址如下 https://...
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转录组中的基因表达模式聚类分析
欢迎关注”生信修炼手册”! 实验设计对于转录组数据的分析是非常重要的，对于常规的case/control实验设计，通过两组间的差异检验就可以得到不同条件下的差异基因；对于多组...
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