vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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在R语言中实现贝叶斯-MCMC（核酸替换速率和分子距离）主要参考资料：来自帝国理工学院的副研究员 Fabricia Nascimento的教程网站https://thednainus.wordpress.com/2017/03/0...
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PopSizeABC：一百万年至今的种群历史模拟 demographic historyPopSizeABC的原理：1.根据观测数据（真实数据）估算SFS和LD2.考虑了大量随机种群历史变化情景。对于每个历史变化情景，都会模拟许多序列。这些序列可以反映相应的历史...
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数量遗传与植物育种—李慧慧本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种[https://m.bio-equip.com/m/News?newsid=453083711&showInfoType=...
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【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)经典文章梳理2010-2020
大豆又名菽，在我国已有5000多年的大豆种植历史。大豆起源于中国，由分布于黄淮流域（北纬32-40度）的野生大豆驯化而来。随后广泛传播到世界各地，为人类提供了主要的植物油料和...
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【动植物研究动态】20220522文献解读
Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解[https://mp.weixin.qq.com/s/LEaaLJLaLvrKgXtL1_0Vww] ...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.9 如何单独分离染色体
目录 前言[https://www.jianshu.com/p/729673778e43] 方法简介[https://www.jianshu.com/p/d9bd081763...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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2021-09-22【文献】毛白杨茎皮孔相关性状的遗传结构与全基因组适应性特征Title: Genetic Architecture and Genome-Wide Adaptive Signatures Underlying Stem Lentice...
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ggplot2绘制有显著性标注的箱线图1.箱线图 盒子内反映了半数的数据分布，因此盒子的高度反映了这些数据的波动状态，盒子越扁表示数据分布比较集中； 伸出去的胡须的上下边缘一般代表了数据的最大值和最小值(也可以设...
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2021-10-23基因组学与植物育种实际上，最近几年我已经参与了若干物种的基因组学项目。我一直在思考：除了提供一批数据之外，我们的研究还能对实际生产产生怎样的推动作用？基因组组装和基因注释在整个育种研究中处于什...
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R循环追加数据到数据框
list转化为data.frame 在数据处理过程中会遇到各式各样的要求，格式转换、数据结构重构等需求可以说是家常便饭了，所以R语言本身也提供了很多数据格式转换的函数或者...
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群体遗传
一、个体对群体遗传组成的影响 生物进化是群体遗传组成随着时间的变化而变化。我们的群体由不同的杂交个体组成，其遗传组成由每个个体携带的基因组组成。由于个体死亡或个体进出人口的迁...
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生信、AI、大数据、育种。MiyuanBiotech
