vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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在R语言中实现贝叶斯-MCMC（核酸替换速率和分子距离）主要参考资料：来自帝国理工学院的副研究员 Fabricia Nascimento的教程网站https://thednainus.wordpress.com/2017/03/0...
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PopSizeABC：一百万年至今的种群历史模拟 demographic historyPopSizeABC的原理：1.根据观测数据（真实数据）估算SFS和LD2.考虑了大量随机种群历史变化情景。对于每个历史变化情景，都会模拟许多序列。这些序列可以反映相应的历史...
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数量遗传与植物育种—李慧慧本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种[https://m.bio-equip.com/m/News?newsid=453083711&showInfoType=...
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【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)经典文章梳理2010-2020
大豆又名菽，在我国已有5000多年的大豆种植历史。大豆起源于中国，由分布于黄淮流域（北纬32-40度）的野生大豆驯化而来。随后广泛传播到世界各地，为人类提供了主要的植物油料和...
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【动植物研究动态】20220522文献解读
Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解[https://mp.weixin.qq.com/s/LEaaLJLaLvrKgXtL1_0Vww] ...
