发简信
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从特征分解到协方差矩阵：详细剖析和实现PCA算法本文先简要明了地介绍了特征向量和其与矩阵的关系，然后再以其为基础解释协方差矩阵和主成分分析法的基本概念，最后我们结合协方差矩阵和主成分分析法实现数据降维。本文不仅仅是从理论上...
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跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的Nature Communication上的一篇文章，题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先...
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Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱 Whalen, S., Schreiber, J., Noble, W.S. et al...
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跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言ggplot2作图展示方差分解的结果关于方差分解的内容之前已经分享过两篇推文之前的推文分享过一篇 内容是重复了一篇 Nature Ecology&Evolution期刊论文的方差分解过程，虽然对运行过程还是不太...
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在NCBI查找指定物种基因组信息【原创】在NCBI查找指定物种基因组信息 生信分析中经常需要查找指定物种的基因组信息。如：基因组相关分析中需要借助已有基因组辅助基因组组装及基因预测；转录组同样查找已有基因组...
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第三章 微生物组数据统计分析简介3.1人类微生物组数据研究的主题和统计假设 目前的微生物组研究主要有两个主题：(1)描述微生物组特征与生物、遗传、临床或实验条件之间的关系；(2)确定与微生物组组成相关的潜在...
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clusterProfiler优雅对非模式物种进行KEGG富集分析
最近在写进行转录组数据的分析文档，前面介绍了如何根据差异基因绘制火山图，今天来介绍如何通过clusterProfiler包对非模式物种进行KEGG富集分析 加载R包 提取出差...
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扩增子和宏基因组分析实用指南 | 微生物组研究
高通量测序技术和分析方法的发展为微生物组研究提供了新见解。然而，这些新的发展让研究人员（特别是没有生物信息背景的研究人员）在选择合适的分析软件/脚本上面临挑战。 来自中国科学...
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各物种转录组数据下载和可视化一、🌽 玉米: ZEAMAP[http://www.zeamap.com/zmap_tissue_expression]，需要注册才能下载tsv数据。Zeamap Tissu...
