我们将微生物群落组成研究分为两个主要部分：(1)分类多样性、OTUS和类群的假设检验；(2)类群间差异分析。第一个成分主要属于单变量群落分析。第...

步骤1：以适当的格式加载和读取OTU表：设置目录的方式与我们在前几章中所做的相同。“td_OTU_tag_mapped_lineage.txt”...

10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析导论） ①什么是成分数据？ 根据韦伯斯特第二版新...

微生物群落研究的主要目标是比较不同群落的组成(β多样性)。在第6章介绍了β多样性，并举例说明了如何计算β多样性指数。得到β多样性指数后，可以对其...

Redundancy Analysis (RDA)：与三种基本排序方法相对应，vegan包有三种版本的约束排序：冗余分析(RDA，与主成分分析相...

微生物群落组成的研究方法可以分为两大类：分类多样性分析和微生物群落组成的多元分析。多变量分析包括各种多变量技术，如聚类和(无约束和有约束的)排序...

6.1 Vdr−/−小鼠数据集 小鼠肠道微生物组数据(金等人)。(2015年)是从维生素D受体基因敲除(维生素D受体−/−)和野生型(WT)小鼠...

5.1假设检验和功效分析 ①假设检验：统计学的主要目的是根据样本信息对未知的总体参数进行推断：从观察到的样本数据中得出关于总体的结论。统计推断包...