使用R语言的ggplot2包绘制密码子偏向性分析中的ENC-plot 到这一步有人遇到报错Error: `mapping` must be created by `aes()...
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密码子偏向性的ENC-plot -
4️⃣ 核酸序列特征分析(6):密码子使用模式的分析[序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 一共20种编码氨基酸，除去3个终止密码子，一共61个密码子。也...
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distmat 计算遗传距离distmat 可用于计算遗传距离，得到距离矩阵 1 在线运算 可通过在线进行遗传距离的计算，网址：http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/...
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MEGA 构建进化树网络上关于构建进化树的教程非常多，这里只挑重点部分讲解。 常见算法：Neighbor-Joining、Maximum Likelihood 1. 参数设置： Test of ...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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如何简单上手序列突变分析？无论是小尺度（少量）的序列集，还是大尺度（大量）的序列集，无论是基因片段的突变分析，还是全基因组的突变分析。 又或者，序列为非编码基因，或非编码基因+编码基因，或单纯的编码基...
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Beast系统发育关系和分化时间的估算(上)以下内容参考了同研究组师弟整理的笔记、和网络资源：Beast v1.8简易手册-修订版 · 语雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
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简单易懂的在线网站datamonkey：支系、基因、位点的选择压力检测
欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天，为大家带来一个在线网站datamonkey，可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。 datamonkey网址：http://www....
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选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...
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一条小咸鱼
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ggtree绘制进化树绘制进化树的方法有很多，入门的MEGA，iTOL，evolview等，但是没有一个如ggtree这般高效简单，轻轻松松绘制高端进化树，废话不多说，直接看代码喜欢的小伙伴可以关...
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R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果今天的主要内容是实现下面这幅图 做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果，之前公众号也分享过一篇文章 。如果样本数不是很多，可以选择矩形的树状图。但是样本数如果比较...
