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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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老师你好，请问不同物种间可以用此方法吗
R Package Scissor 学习笔记
简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量（bulk）表型从单细胞测序(scRNA-se...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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你好，请问findmarkers函数进行差异分析是默认的logFC是选取的0.25，但是筛不出差异基因，这个阈值可以调成0.1吗
单细胞数据处理小细节汇总
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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您好，后续分析用“RNA”中的基因的话那不是基于总的基因数进行的后续分析会没有问题吗？，比如我的数据总共有25000多个基因，“RNA”队列中是23000多，2000个高变基因用于整合，后续分析如果DefaultAssay(object = seurat_obj) <- "RNA"，那么就排除了2000个高变基因进行分析，这对分析影响大不大呢？
单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?
前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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@Hayley笔记 那请问老师 CCA整合方式同理的吗
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程
目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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老师您好，我在运行代码RunHarmony(Zebrafish_2, group.by.vars = "orig.ident",max.iter.harmony = 1,theta = 2,lambda = 1是出现报错，max.iter.harmony是更改过的 默认为10时也是一样的报错
Harmony 1/1
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Error in UseMethod(generic = "Key", object = object) :
no applicable method for 'Key' applied to an object of class "character"
Timing stopped at: 69.58 4.28 73.84单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程
目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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你好，请问单细胞联合空转的分析是必须基于同样的样本来做吗，可以用不同的样本吗
10X空间转录组和10X单细胞数据联合分析方法汇总
大家好，新的一年开始了，我们又要投入到紧张的工作中去了，作为一名10X空间和10X单细胞分析的生信人员，也要开始新一年的工作了，但是，正可谓磨刀不误砍柴功，总结也是一种进步，...
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单细胞测序分析之Monocle2包学习笔记前一阵子练习了几个单细胞测序分析，然而对于所用的R包并没有深入的学习。作为强迫症晚期患者，想知其然，还想知其所以然，所以打算仔细的学习这些R包的使用。这篇文章将深入的学习Mo...
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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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@Hayley笔记 复制不了哦
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
