一、环境 linux-ubuntuanaconda3/miniconda 二、实操演示 1.conda是安装QIIME2的首选工具，但是很多国内的朋友苦于无法链接网络问题导致...
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Conda安装qiime2（目前最有效的方法） -
5. 基于OTUs的alpha多样性指数计算和可视化简介 1. 物种丰富度指数(Species richness)：群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物种...
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R包安装、卸载的多种方式本期内容 查看及修改R包的安装路径 修改安装包的默认镜像源 R包的多种安装方式 R包卸载 以下如无特殊说明，命令都是在R中运行 查看及修改R包的安装路径 重启R，再次查看安装...
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R及R包安装、更新、卸载、删除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一种方法是点击Tools，选择Check for Package Updates即可。 ...
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楼主您好，我在测试的时候最后四行代码出现报错
Error: object 'rowtype' not found
Error: object 'coltype' not foundComplexheatmap::pheatmap绘图字体设置
ComplexHeatmap是一个很好用的绘制热图的R包。这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。查看有关...
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Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置ComplexHeatmap是一个很好用的绘制热图的R包。这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。查看有关...
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perl脚本练习：fasta格式与tab格式序列之间相互转换(2)(适用范围更广)
前言 我的认知里，fasta格式中“>”只会位于行首。但是我写脚本用的示例数据里出两行特殊id。这两个id中除了行首的“>”，中间还有“>”，造成原脚本不能适用。所以在脚本里...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我们来讲一讲什么是基因富集分析 首先我们要抓住一个核心，那就是： “将我们挑出来的基因归归类，聚类分析，看看这些基因的功能和我们的研究是否具有...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTU table， 距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usear...
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🎨[可视化|R包]ComplexHeatmap学习笔记④Heatmap AnnotationsComplexHeatmap学习笔记①Introduction to ComplexHeatmap package ComplexHeatmap学习笔记②Making A S...
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LPSN | 原核生物标准命名列表LPSN全称List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature。源自1997，近期更新发表文章于2020。该数据库...
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mantel test 简单教程由于论文问题，这里重做了mantel test，所以记录一下完整的重做过程。首先是运行语言，这路选择R语言作为计算语言。 1 package ggcor作者删除了账号，不知...
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R实战 | OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化主成分分析（PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-...
