R包安装、卸载的多种方式

本期内容

  1. 查看及修改R包的安装路径

  2. 修改安装包的默认镜像源

  3. R包的多种安装方式

  4. R包卸载

以下如无特殊说明,命令都是在R中运行

查看及修改R包的安装路径

.libPaths() # 查看当前所有R包的安装路径
dir.create("D:/Install/R_Library") # 创建一个新路径,如果已有请忽略此步
cat('.libPaths("D:/Install/R_Library")\n', file = "~/.Rprofile", append = T) # 修改默认安装路径

重启R,再次查看安装路径,如下可以看到安装路径已修改,其实原理就是将.libPaths("D:/Install/R_Library")此行命令写入~/.Rprofile文件中,R每次启动都会自动调用

修改安装包的默认镜像源

前两期我们有提到如何配置镜像源,没有配置的小伙伴也可以输入以下命令进行配置

cat('options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))\n', file = "~/.Rprofile", append = T) # 修改默认CRAN源
cat('options(BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")\n', file = "~/.Rprofile", append = T) # 修改默认BioConductor源

重启R即可生效

R包的多种安装方式

CRAN

地址:https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

注意:ubuntu下安装devtools包可能还需要先安装以下包,具体根据报错信息依次解决(看哪些依赖包没有安上,然后逐个去安装,安装上缺失的包即可),shell终端下输入以下命令:
sudo apt -y install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libgit2-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev

install.packages(c("BiocManager", "devtools")) # 直接输入R包的名字即可

Bioconductor

地址:http://new.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software

library(BiocManager) # 加载BiocManager包
install("RBGL")
library(RBGL)

github

library(devtools)
install_github("js229/Vennerable")
library(Vennerable)

使用安装包安装

以安装magrittr为例,下载对应的安装包(路径:https://cran.r-project.org/src/contrib/magrittr_2.0.3.tar.gz

install.packages("E:/Temp/magrittr_2.0.3.tar.gz")
library(magrittr)

如上,安装成功,但Windows用户需要注意,这里用到了Rtools去编译C,没有安装Rtools的小伙伴请自行观看往期课程“Windows下R语言、RStudio及Rtools安装”

ubuntu下还可以直接在shell终端用命令行进行安装,如:sudo R CMD INSTALL magrittr_2.0.3.tar.gz

R包卸载

使用命令卸载

detach("package:magrittr",unload = T) # 因为刚刚有加载,先解除加载
remove.packages("magrittr")

RStudio界面操作卸载

直接在Rstudio右下窗口,Packages页面找到对应的包,点击最右边的×进行卸载

再重新加载一下这两个包,可以发现已经无法加载了,卸载成功!

最后

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