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TCGA数据库悄咪咪更新了—RNAseq没有HTSeq-Counts了前面小编给大家详细介绍过TCGA这个数据库，以及如何从这个数据库下载，合并表达谱数据。然后做差异表达分析，以及构建ceRNA网络。 ☞[https://link.zhihu....
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Varscan2 通过normal tumor配对样本探测germline突变1. 通过varscan2探测somatic和germline的突变 对于有normal-tumor的配对样本，varscan通过比较normal和tumor中的突变情况，如...
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Varscan+AnnotSV+RCircos 拷贝数变异分析1.使用varscan软件检测肿瘤配对样本的拷贝数变异情况 1.1-1.2：官网上1.1-1.2的步骤如下： 1.3：用R包DNAcopy 1.4：如果上一步结果有问题，重复...
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Nature子刊 | scArches：单细胞数据 × 深度学习新策略
2021年8月30日，来自德国和美国的多机构研究团队在Nature子刊《Nature Biotechnology》在线发表了题为“Mapping single-cell da...
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努力成为R 极客<br>R和python爱好者<br>bioninfomatics
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10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）算法解读hello，接上一篇文章10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）[https://www.jianshu.com/p/c...
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10X空间转录组数据分析之方法小结今天我们来提炼一下10X空间转录组在文章中一些新的运用，文献在The cellular architecture of the antimicrobial response ...
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10X空间转录组分析之肿瘤边界hello，大家好，今天给大家科普一些肿瘤方面的知识，当然，也是对自己的一些补充。 研究肿瘤的童鞋对p-EMT应该不陌生，意思是partial epithelial-to-m...
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你好，请问 as.seurat 报错：
Error in checkSlotAssignment(object, name, value) :
assignment of an object of class “dgTMatrix” is not valid for slot ‘data’ in an object of class “Assay”; is(value, "AnyMatrix") is not TRUE
该怎么解决呢？🙏Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化
Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat 常用命令列表---Seurat Command List
Compiled: 2021-02-08 [https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html#seu...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
