一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源,用于从分子水平信息,特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集,了解生物系...
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参考这篇ID转换不用怕,clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办,值得一看 简单介绍一下几种常用的ID:Ensemble id:一般以ENSG开头...
Interpro数据库 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库, Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam...
InterPro是一个数据库,其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族,同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分...
信号肽简介信号肽是蛋白质N-末端一段编码长度为5-30的疏水性氨基酸序列,用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。信号肽存在于分泌蛋白、跨膜蛋白和真核生物细胞器内的蛋白中。 ...
信号肽(signal peptides):是引导新和成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链,长度约5-30个氨基酸;对应的mRNA序列,在起始密码子后,有一段编码疏水性氨基酸序列的...
膜蛋白分析:生物膜所含的蛋白叫膜蛋白,是生物膜功能的主要承担者。生物体大约30%蛋白质都是膜蛋白,而膜蛋白是药物的主要靶标。许多膜蛋白是兼性分子,它们的多肽链可以横穿膜一次或...
如何预测一个蛋白是否具有跨膜螺旋(TMH)? 蛋白结构决定蛋白功能,利用生物学在线软件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。TMHMM是...
在蛋白质分析中,不可避免的需要考虑其在细胞中的位置,为其功能的鉴定和分类奠定基础,下面将讲述如何利用在线方式来进行subcellular localization. 1.首...
1、分析蛋白质的亚细胞定位有助于了解:蛋白质功能和蛋白质互作生物体细胞器类型:细胞核蛋白质、线粒体蛋白质、内质网蛋白质、细胞膜、叶绿体蛋白质、高尔基体2、通过生物信息学在线分...
一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
什么是富集分析? 当我们获得了一批生物数据时,例如转录组的数据,蛋白质组的数据,其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步,例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。在得...
WEGO是华大基因公司的一个在线GO注释的网站,根据网站的介绍:WEGO(网络基因本体注释图)是一个简单但有用的工具,用于可视化,比较和绘制基因本体注释结果。随着围棋词汇越来...
正在做GO和KEGG,感觉之前理解的不够透彻.. 现在把自己理解的整理一下 理论基础:超几何分布 超几何分布理解:从一个箱子里不放回的取球,取到某种颜色球的概率。 超几何分布...
错误代码: 我更换了清华安装源: 原文链接:https://blog.csdn.net/qq_42544924/article/details/120602430[https...
以Synechococcus elongatus UTEX 2973(accession no.为GCA_000817325.1)为例。 1.统计其中染色体序列(CP0064...
1.下载sra序列 SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,He...
1.安装java环境 在安装之前需要卸载linux自带的java环境。 这样便是删除成功了。 参考: 然后下载java,进入java官网 将首页往下翻,可以看到有两个下载的界...
官网地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit[https://github....
一、安装 Trimmomatic是基于Java开发的,因此需要提前安装Java环境,才能使用Trimmomatic。安装Java环境可以参考我的简书:https://www....