一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源，用于从分子水平信息，特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集，了解生物系...
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KEGGREST使用方法
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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interpro 注释结果简单分析及可视化Interpro数据库 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam...
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Interpro 数据库介绍
InterPro是一个数据库，其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族，同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分...
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2020-05-05使用SignalP对蛋白序列进行信号肽预测
信号肽简介信号肽是蛋白质N-末端一段编码长度为5-30的疏水性氨基酸序列，用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。信号肽存在于分泌蛋白、跨膜蛋白和真核生物细胞器内的蛋白中。 ...
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SignalP 5.0：信号肽预测信号肽（signal peptides）：是引导新和成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，长度约5-30个氨基酸；对应的mRNA序列，在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的...
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蛋白质的跨膜螺旋结构域预测（transmembrane helices ,TMH）膜蛋白分析：生物膜所含的蛋白叫膜蛋白，是生物膜功能的主要承担者。生物体大约30%蛋白质都是膜蛋白，而膜蛋白是药物的主要靶标。许多膜蛋白是兼性分子，它们的多肽链可以横穿膜一次或...
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TMHMM 2.0--蛋白质的跨膜结构域预测如何预测一个蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）？ 蛋白结构决定蛋白功能，利用生物学在线软件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。TMHMM是...
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WoLF PSORT——亚细胞定位在蛋白质分析中，不可避免的需要考虑其在细胞中的位置，为其功能的鉴定和分类奠定基础，下面将讲述如何利用在线方式来进行subcellular localization. 1.首...
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PSORT--蛋白质亚细胞定位预测1、分析蛋白质的亚细胞定位有助于了解：蛋白质功能和蛋白质互作生物体细胞器类型：细胞核蛋白质、线粒体蛋白质、内质网蛋白质、细胞膜、叶绿体蛋白质、高尔基体2、通过生物信息学在线分...
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InterPro 注释和结果可视化一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
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GO注释和富集分析概念介绍
什么是富集分析？ 当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。在得...
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WEGO使用—在线GO功能注释WEGO是华大基因公司的一个在线GO注释的网站，根据网站的介绍：WEGO(网络基因本体注释图)是一个简单但有用的工具，用于可视化，比较和绘制基因本体注释结果。随着围棋词汇越来...
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[数据库] GO注释学习正在做GO和KEGG，感觉之前理解的不够透彻.. 现在把自己理解的整理一下 理论基础：超几何分布 超几何分布理解：从一个箱子里不放回的取球，取到某种颜色球的概率。 超几何分布...
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Linux中conda安装软件遇到的一些问题错误代码： 我更换了清华安装源： 原文链接：https://blog.csdn.net/qq_42544924/article/details/120602430[https...
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关于基因组注释文件，统计其中染色体序列基因的相关信息以Synechococcus elongatus UTEX 2973（accession no.为GCA_000817325.1）为例。 1.统计其中染色体序列(CP0064...
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MultiQC对多个fastq文件进行数据质量评价1.下载sra序列 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，He...
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Linux中MultiQC软件安装运行和使用MultiQC软件进行数据质量评价1.安装java环境 在安装之前需要卸载linux自带的java环境。 这样便是删除成功了。 参考： 然后下载java，进入java官网 将首页往下翻，可以看到有两个下载的界...
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SRA toolkit安装官网地址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit[https://github....
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Trimmomatic安装和用法一、安装 Trimmomatic是基于Java开发的，因此需要提前安装Java环境，才能使用Trimmomatic。安装Java环境可以参考我的简书：https://www....
