Aannaw

感谢博主回复，我还想麻烦您一下：（1）您的5.4里面的python脚本需要一个aligned文件夹作为输入，我理解您的意思应该是这一步需要我自己用脚本将每个ALG的所有研究物种的pep储存在分别的fasta文件中然后进行比对，然而每个ALG有很多直系同源基因，我是应该将属于同一个ALG的直系同源基因的pep序列按照一定的顺序串联起来么？（2）目前我在构建7个物种的祖先连锁群，我现在直接使用/odp-path/scripts/odp_nway_rbh程序对7个物种同时寻找共线性，在config.yaml文件中这样表示：
analyses:
- ["ACAH", "ACIL", "ADIM", "AKEM", "AMIN", "APER", "ARUS"]
现在我想试试您说的推荐每次只用三个物种，这里三个物种的选择有什么根据么，是按照7个物种中任意三个物种组都要做么？
（3）目前我暂时根据7个物种的共线性完成了您的4步骤，我得到那些输出文件，包括step4-ribbon_diagram文件夹中的ACAH_ACIL_ADIM_AKEM_AMIN_APER_ARUS.ribbon.pdf，我猜测这是个初步构建的祖先核型的条带图，但是这个条带图的物种顺序和染色体顺序不是我期望的，我重新利用odp_rbh_to_ribbon程序根据step3-unwrap中的ACAH_ACIL_ADIM_AKEM_AMIN_APER_ARUS.filt.unwrapped.rbh重新绘制条带图，但是这个odp_rbh_to_ribbon程序要求的config.yaml文件中的rbh文件时两两比对的，这个时候应该是该怎么办么。是和您这里说的”2.识别：如果是自己构建库，运行1步骤后，再运行一遍odp_rbh_to_ribbon，程序会根据/path/odp/LG_db/构建的库自行匹配和上色“相关么，这句话中的运行1步骤后是指什么么？
不好意思，麻烦您了，可以给我一些建议么？

祖先染色体重构软件-odp

1.介绍 Odp是一种基于蛋白的共线性分析软件，用于比较两个或多个物种之间染色体的进化。主要功能包括：(1)绘制两个基因组之间的共线性(点图或者条带图均可)(2)利用染色体共...

呆子宝儿姐

399 5 0

Aannaw

博主，感谢您的教程，可以请教您两个问题：
1.“最后根据比对后的序列用hmmer建模”，要实现这句话是要用到的是odp_rbh_to_hmm么？
2."在最后跑条带图整个流程就可以出现好看的条带图了"，要实现这句话是指我需要使用构建好的自己研究物种的祖先连锁群的重新绘制么，然而绘制条带图需要先进行odp/scripts/odp绘制点图，得到的step2-figures/synteny_coloredby_BCnS_LGs/作为绘制条带图的输入路径。但是我是疑惑怎么将构建的自己的物种祖先连锁群在绘制点图的时候让他识别的呢

祖先染色体重构软件-odp

1.介绍 Odp是一种基于蛋白的共线性分析软件，用于比较两个或多个物种之间染色体的进化。主要功能包括：(1)绘制两个基因组之间的共线性(点图或者条带图均可)(2)利用染色体共...

呆子宝儿姐

399 5 0