kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
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kraken2 微生物物种分类 -
2022新版TCGA数据下载与整理2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
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python将fasta文件均分
step1：将fasta均分为N个文件，每个文件序列数目相等 参考这篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
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第三章 微生物组数据统计分析简介3.1人类微生物组数据研究的主题和统计假设 目前的微生物组研究主要有两个主题：(1)描述微生物组特征与生物、遗传、临床或实验条件之间的关系；(2)确定与微生物组组成相关的潜在...
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BWA比对及Samtools提取目标序列
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools： bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backt...
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Kraken使用手册
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器，是基于k-mer精确比对，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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Kraken2+Bracken
1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...
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基于R筛选过滤低丰度物种的几种方式首先导入输入文件物种某水平的分类表 百分比转化 方式一 方式二 在微生物组数据分析中，样品分析之前我们经常需要对微生物组的丰度进行筛选, 过滤在任何样本中百分比小于1%的物种...
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宏基因组标准流程--metaWRAP1. metaWRAP简介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据...
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Kraken2安装与数据库构建2022-01-02
Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。conda以及github网址：ht...
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Barrnap预测rRNA基因barrnap是BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor（基础rRNA快速预测其）简写。barrnap可以预测细菌bacteria (5S,23...
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shot-gun宏基因组：KneadData质控，Kraken2Bracken物种分类，HUMAnN3功能注释导读 第一次做宏基因组还是在2018年，现在2021很多软件数据库大更新，这里搭建目前比较受认可的流程，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...
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MetaPhlAn1宏基因组物种注释导读 1 MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2 MetaPhlAn结果合并和可视化3 GraPhlAn绘制进化树4 LEfSe寻找分类biomarker并可视化5 ...
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感谢博主，帖子对我帮助很大，不过想问下楼主，什么更新如何用maaslin剔除其他因素的影响的讲解帖子？拭目以待
Qiime1-13.菌群组成与指标相关性分析（自带命令及MaAslin）
你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。 metadata和菌群之间是...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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16S测序分析（二）菌群多样性分析导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“如何用R语言实现alpha多样...
