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一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...

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hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorit...

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Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...

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作者：ahworld链接：细胞通讯-iTALK使用方法来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 什么是细胞通讯？ 多细胞生物由不同类型的...

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本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...

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常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...

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前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...

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写这个记录的缘由，是我在生信技能树[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到这样一...

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轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...

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上次的干货分享我们给大家介绍的是如何利用TIDE预测肿瘤免疫逃逸（推文链接），本期推文更加重磅，我们将给大家详细讲解生信文章免疫分析必做的——肿瘤浸润免疫细胞。 在学习肿瘤浸...

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一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...

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第一次下载，记录一下。欢迎小伙伴提提建议，有什么更好更快的下载方式和操作 https://mubu.com/doc/a8VEr7Tfb0 找的时候居然忘记之前写过记录。。。😅...

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官方网站：BayesPrism Gateway[https://www.bayesprism.org/pages/tutorial_deconvolution] 参考文献：C...

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前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...

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一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...