挖掘GEO芯片时会发现多个类似的研究，那么怎么把它们整合到一起呢？常见的分析方法： 差异分析→直接求交集 去除批次效应 Robust Rank Aggregation（RRA...
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【R>>Robust Rank Aggregation】多个数据集整合分析 -
srChu.v ~ phenoChu.v 是包里举例的数据，不是我们自己数据算出来的sr.o啊
SCENT代码实操之细胞分化潜力的评估
前言 在之前的两篇推文；SCENT：单细胞层面干性评估的扛把子[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=2...
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请问在
pathwayFull <- hsaPathway %>% dplyr::mutate(entrezgene_id=map_chr(pathway_id, geneEntrez), hgnc_symbol=map_chr(pathway_id, geneSymbol)) 的时候
Error in `dplyr::mutate()`:
ℹ In argument: `entrezgene_id = map_chr(pathway_id, geneEntrez)`.
Caused by error in `.getUrl()`:
! Bad Request (HTTP 400).
是什么原因吗KEGG通路数据库下载(人种)
方法一在MSigDB下载，网址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞WGCNA分析方法+随机森林WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 使用pbmc数据集做演示，使用矩阵是@data矩阵，基因是2000高...
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CBNplot：将富集分析结果和临床特征相关联说在前面 生信宝库在之前的两期推文：CBNplot：可视化富集通路中基因的调控关系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...
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CBNplot：揭示富集分析中各通路的调控关系说在前面 Immugent在之前一篇推文中：CBNplot：可视化富集通路中基因的调控关系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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CBNplot：可视化富集通路中基因的调控关系说在前面 相信大家在平时做富集分析时都会有这样的一个需求：如果能知道感兴趣的某条通路中各基因的调控关系，那么就能准确识别出hub基因；或者说找到我们感兴趣的基因在这条通路中的...
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10X单细胞 & 10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）hello，大家好，这一篇给大家带来的是10X单细胞和10XATAC联合进行网络调控的分析，也很经典，参考的文献在IReNA: integrated regulatory n...
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单细胞可视化工具:scRNAtoolVis /GseaVis
scRNAtoolVis 2022-07-11 scRNAtoolVis 0.0.3 版本更新https://mp.weixin.qq.com/s/Dhp7uCcj2a7...
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tricycle: 细胞周期评估新策略
前言 说到对单细胞数据进行细胞周期评估，很多小伙伴都会觉得这是一步无关紧要的步骤，做不做都无所谓，就算是做了也会将它作为混杂因素在细胞聚类之前给去除。但是事实上，我们对细胞周...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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ubuntu18.04虚拟机安装jupyterhub一.Jupyterhub介绍 支持多用户的 Jupyter Notebook 服务器，用于创建、管理、代理多个 Jupyter Notebook 实例。具有扩展性和可定制性。...
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分级KEGG富集pathway图绘制最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png 准备输入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错
1.报错 在安装Seurat会出现如下核心报错： 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像，都不解决问题，因为着根本不是下载的错误...
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基于单细胞测序的蛋白活性推断（PISCES）分析流程笔记，凎！
写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=！ 本流程需要一点点R语言与linux基...
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解决copyKAT会自动过滤细胞的重大坑爹问题
我选好了细胞拿去推断你再给我过滤一遍 吃掉了我一部分细胞。。。还不能设置参数取消过滤坑爹的R包千篇一律，被迫debug的少年万中无一。我把你过滤的源码注释掉即可。这样既可以保...