实例：如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集 一、确定目标通路 打开KEGG选择pathway，在搜索框前输入物种，框内填入关键词。 筛选结果显示仅有hsa04728...
IP属地：广西
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R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG） -
单细胞之富集分析-6：PROGENy单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞分析之细胞交互-5：NicheNet多组间互作比较常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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IL-17在肿瘤发展中的作用
简介 我们今天要介绍的信号通路主角是白细胞介素IL-17，IL-17家族是由IL-17A-F组成的细胞因子的一个子集，IL-17是一种有效的促炎细胞因子，在多种肿瘤中已被证实...
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R做GSEA富集分析首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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细胞间通讯教程|| cellphonedb 及其可视化细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat：细胞间相互作用分析利器[https:/...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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