实例:如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集 一、确定目标通路 打开KEGG选择pathway,在搜索框前输入物种,框内填入关键词。 筛选结果显示仅有hsa04728...
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单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2:批量...
常用的细胞通讯软件:CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]:是公开的人工校正的,储存受体、配体以及两种相互作用...
AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集(如gene signature,gene module)的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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数据准备 整合小提琴图 小提琴图DCIS VS. IBC/N 小提琴图DCISS VS. IBCS/NS 箱线图
简介 我们今天要介绍的信号通路主角是白细胞介素IL-17,IL-17家族是由IL-17A-F组成的细胞因子的一个子集,IL-17是一种有效的促炎细胞因子,在多种肿瘤中已被证实...
首先感谢Y叔的clusterprofiler神包,做富集分析优点是在线爬取数据,结果很可信,但是缺点也是网络问题,网络差点就要等很久,不过GSEA有自带GMT文件,因此下载好...