本人最近在做比较基因组学分析的时候，发现用韦恩图来表示共有、特有的基因家族虽然直观，但一旦物种数目增多，就会变得不好看。于是，我师兄提议可以用Upset图来代替，我仿佛打开了...
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使用UpSetR软件包绘制Upset图的方法 -
基于Python程序给fa文件基因ID批量添加前缀的方法
鉴于在生物信息分析过程中，有些时候我们的输入/输出的fasta格式文件的基因ID经常会杂乱无章，不知道属于哪个物种或者哪个类别。因此，我写了一个python程序来简化这一方...
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注释文件无法提取最长转录本的解决方法我最近在做比较基因组学分析的过程中遇到了一个问题，就是从数据库中下载到的注释文件，明明是gff3格式，却无法按照常规方法提取最长转录本。注释文件中显示来源于DDBJ数据库。...
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根据基因名称批量提取蛋白序列以作进化树构建的方法有时候，我们需要对某个特定基因家族进行进化树的构建，那么怎么来实现呢？以下是一种比较简单的基于Mega的方法 一 提取蛋白序列 http://hgdownload.cse.u...
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解决ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pygtftk (from versions: none)
pip版本过低导致 python -m pip install --upgrade pip
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计...
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安装和运行DeepTE时报错的解决办法
DeepTE是一款非常实用的转座子分类工具，一般在跑完EDTA重复序列注释后可以运行一下DeepTE对unknown的转座子进行进一步分类。然而，我在安装这个软件时遇到了报错...
