有时候，我们需要对某个特定基因家族进行进化树的构建，那么怎么来实现呢？以下是一种比较简单的基于Mega的方法

一 提取蛋白序列

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/下载faSomeRecords脚本：faSomeRecords.txt

右键复制链接地址，wget  ctrl+shift+v

#赋予所有人可执行权限

chmod a+x faSomeRecords

#添加环境变量（也可以直接./）

./faSomeRecords pep.fa（蛋白序列文件） ID.txt（蛋白序列对应的基因IDlist，一行一个基因名） out.fa（输出文件） 

二 利用Mega软件构建进化树

首先在自己电脑的Windows系统下安装Mega软件

序列比对

做系统进化树之前要做多序列比对，将比对结果提交给MEGA建树。打开MEGA，点击File→Open A File/Session…→找到自己要比对的序列，打开

弹出对话框，选Align

接下来我们进行序列比对，在Alignment里面有Alignment by ClustalW和Muscle两个选项。其中ClustalWClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件，基本原理是首先做序列的两两比对,根据该两两比对计算两两距离矩阵,然后用NJ或者UPGMA方法构建Binary进化树作为guide tree,最后用progressive的方法根据guide tree逐步添加序列进行比对,一直到所有序列都比对好。

Muscle速度快，用于序列多的时候进行的比对。

      这里我们选择ClustalW：

弹出对话框选OK，之后弹出多序列比对参数设置窗口。由于MEGA的参数都是经过考量的，所以当看不懂时默认就好

可以将比对结果保存下来

保存文件格式选择.meg

双击刚才建好的.meg文件，文件就直接导入MEGA，点击，会出现“Sequence Data Explorer”窗口，最上面一行是consensus sequence，也就是一列里出现次数最多的字母

点击MODELS中的Find Best DNA/Protein Models(ML) ，软件会根据你的数据帮你计算寻找最适合的模型，提高建树的精确度

运行后结果如下。最重要的是BIC（BayesianInformation Criterion），越低代表模型越好。在这里就可以看到，BIC分数最低的模型是JTT+G，但软件不支持组合模型，所以我们选择单个模型中BIC分数最小的，此处为JTT

点击Phylogeny构建进化树，有多种建树方法，适用情况自行摸索，此处选择NJ邻接法建树

弹出设置窗口，没有什么要求时默认即可。

Test of Phylogeny（建树的检验方法），是用来检验建树的质量的。默认的检验方法是Bootstrp method （步长检验）。步长检验需要设定检验次数，通常为100的倍数，默认设置为500，通常1000次以上较为可靠，这里设置1000。

Model处选择上文计算好的JTT。

Gap/Missing Date Treatment，大多数建树方法会要求删除多序列比对中含有空位较多的列。但是根据遗传距离度量方法的不同，删除原则不同。如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话，选择Complete deletion；如果其他方法例如NJ，可以选择Partial deletion，程度约50%

可对树的形状进行调整

基因名字过长，是因为基因序列导出后，未对基因名做简化处理，大家可以将导出的fasta格式以文本文件打开，将多余字符删除，只保留想要信息即可

View:可以更改枝的线条，字体样式等。

Image:输出图片。

Caption:单击后生成文献中该图的标题、备注说明，使用到的文献等，这个功能很好用，写文章会需要的。

最后记得将建树结果保存为.nwk格式，这个结果保存很重要，下次直接双击就可进入MEGA对其操作

以上是对于进化树的简单构建，如果我们要做出好看的进化树的话，还是推荐使用TBtools或者如果有R语言基础的可以尝试ggtree

参考文章链接：

https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/119295616

https://www.jianshu.com/p/61dcac9d94f8