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TCGA数据挖掘 步骤1：安装R包 接下来，进行分析 关于数据种类，有count类型，肯定选count，次选才是fpkm等其它。 当拿不到count数据时，可以采用其它的。如...

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MACS的自述文件（2.1.2） 运行 结果 介绍 随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀，然后进行高通量测序（ChIP-Seq）越来越受欢迎研究全基因组蛋白质-DNA相互作用。...

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整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCove...

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前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...

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这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...

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Fastq格式 二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示： 每一个...

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在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里...

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本文摘自：R 语言主成分分析(PCA)实战教程[https://mp.weixin.qq.com/s/uQPCPh09XXQiz9Iau9p5Fg]方便个人学习和查阅 安装依...

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安装前提：安装R语言，安装Rstudio，安装成功后切换到合适的镜像源，如果没有新建项目。开始工作前记得新建项目。（对于windows系统，要额外安装Rtools，安装...

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1-1从GEO数据库下载数据 1-2提取表达矩阵exp 1-3提取各样本的分组信息 1-4调整exp的行名顺序与pd列名完全一致 1-5提取芯片平台编号，保存 2-1提取分组...

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https://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-winapps-appother/net-framew...

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知识的学习没有一蹴而就，没有捷近，扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个...

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上期小编给大家介绍了疾病与基因突变相关的数据库，今天小编为大家介绍几个与基因产物——蛋白质相关的几个网站，希望对大家有所帮助，感兴趣的小伙伴可以收藏起来，也欢迎点赞和关注哦！...

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GSEA背景 比如你读到一篇文献，里面的作者设计了一系列实验，其中一个实验是，knock down基因X，对WT和KD进行RNA-seq实验，比较WT和KD的表达谱的变化，从...

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基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。即综合现有的对基...