1.FeaturePlot函数 FeaturePlot使用了split函数之后就没有legend了这个问题之前困扰了我很久 后来就下定决心解决一下 其实很简单就只是加个命令参...
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使用Seurat 中自带函数画图遇到的问题及解决办法 -
R语言S4对象介绍
编程对象简介 R虽然有S3、S4、(RC)Reference classes 三个面向对象的系统和一个多由C语言构建的基本类型(base types)，但是一般S3就能够满足...
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R语言S3对象的简单学习前言 最近在琢磨单细胞的分析包Seurat，其对象type是一个S4 object，value显示为S4 object of class Seurat，class则是Seur...
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单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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R可视化之pheatmap绘制聚类热图并导出聚类后基因顺序
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
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pheatmap 坐标轴排序简介 heatmap 排序的实质是对hclust的结果进行排序，由于存在聚类这一客观情况，所以我们期望的排序结果是一个局域型排序产物(在同一聚类水平下的排序)。 基本实现过程...
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Monocle2: plot_genes_in_pseudotime()
1. 使用 2. 基因表达拟合 官方源代码https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/blob/master/R...
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Monocle2: plot_genes_branched_pseudotime()1. 普通plot plot_genes_branched_pseudotime(monocle2_object[c("LOC408449","LOC411104"), ],...
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数据清洗工具flashtext，效率直接提升了几十倍数
在平常的一些的小规模的数据的过滤、清洗过程中使用最多的就是正则表达式，但是随着数据规模的增大，正则表达式就显得有些心有余力不足了。 【阅读全文】[https://mp.wei...
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pyscenic | 单细胞转录因子分析，原理图文详解pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
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monocle细胞轨迹追踪原理我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
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vscode远程连接服务器，并在vscode页面中使用rstudio-server先看看效果： Ⅰ.在vscode中下载插件： 1.Remote Development （扩展ID:ms-vscode-remote.vscode-remote-exte...
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测序数据量？reads数目？cluster？
首先，需要明确一点: 数据量大小其实就是碱基的个数。 那么，数据量大小的计算方法是： 单端测序 数据量=reads长度 X reads个数 (reads长度很容易得知，rea...
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二代测序文库构建-概述与挑战（1）高通量测序又称NGS，重新定义了基因组学研究。近年来，NGS技术稳步发展，伴随着成本下降以及测序应用呈指数增加。本文，我们研究了影响测序文库质量的关键因素，以及，在DNA来源...
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2020-08-24质粒构建设计引物 引物长度一般在15~30 bp，最常用的是18~27bp； 引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好在72℃左右。Tm值简单粗暴的计算方法为Tm=4×(G+C)...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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简书啊简书 让我怎么说您
