TRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >...
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TRF--Tandem Repeat Finder -
BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
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Rosetta 简易手册这部手册的基本思路（如何使用我） 在 Rosetta入门 这一部分，我记录了Rosetta能够解决的生物问题及其使用的抽样策略，主要包括：如何将你的问题转化为Rosetta可...
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未来药物开发机遇—Druggable Genome
很多生物医学研究以及新疗法的开发都集中于极少部分人类基因组，还有相当多与疾病相关的蛋白有待开发，这其中其实蕴藏了很多科研与商业机会。NIH启动可成药基因组项目(Druggab...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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CUT&RUN实验原理和步骤这篇笔记是记录CUT&RUN实验的具体步骤。因为下周就要做CUT&RUN了，首先就要先熟悉一下实验步骤。虽然有纸质版的protocol，但是老板推荐我去试剂盒官网看一下视频，...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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免疫学笔记-1 | T细胞分化发育及其Marker1 关键细胞类型或Marker缩写： 骨髓多能造血干细胞 HSC 淋巴样祖细胞 lymphoid progenitor cell T细胞抗原识别受体 TCR 抗原提呈细胞 A...
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10X单细胞、单核、空间转录组揭示肿瘤-微环境的空间结构与调控网络hello，大家好，今天我们继续来分享关于10X空间转录组在肿瘤方面的研究，其实也和大家分享过很多次了，强调肿瘤正常边界的重要医学意义，而如果实现这个，就必须借助空间转录组技...
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差异可变剪接软件哪家强？
作者： 童 蒙编辑：amethyst 可变剪接作为转录后修饰的重要环节，对细胞的活性和疾病的发生发展都有广泛的作用。尽管目前软件很多，但是软件间的比较却比较少。作者系统地...
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可变剪切工具的工具和系统评价受人之托，所以又跑到另外一个领域去了，中文的资料还不是很全，所以还是自己动手吧 可变剪切工具大全 HussainAther/awesome-alternative-splic...
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线粒体相关基因的数据库最近想看线粒体代谢相关基因在自己测序数据中是否有差异，找了好久，没找到一个合适的基因列表，早上真的是太太幸运啦！！！我搜了下mitochondrial metabolism ...
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Hi-C: Compartment, TAD, LoopsHi-C 数据分析主要是来研究染色体的结构的，常见的三个空间单位有 Compartment, TAD, Loop 。 Chromosome compartment TAD L...
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小鬼的m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图上一期提到使用exomePeak2进行m6A的Peak Calling，结果如下，每个样本一个结果： ├── ADDInfo│ ├── ADDInfo_GLM_allDe...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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