decostand 是群落生态学中常用的工具包，提供了很多主流且高效的数据标准化方法。 基本语法 标准化，和转化相反，是求相对值，旨在降低数据之间因量级、单位等差异而带来的数...
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R语言之数据标准化方法大全 -
[R]基因ID转换、鼠基因转为人基因
Ensembl, EntreID,Symbol这三种基因名格式的互相转换 法1：org.Hs.eg.db包 法2：biomaRt包 将老鼠基因转为人类基因名 法1：直接转换 ...
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TCGA+biomarker——单因素Cox回归
生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计...
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单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com....
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R实战 | Lasso回归模型建立及变量筛选R实战 | Lasso回归模型建立及变量筛选 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
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ssGSEA分析ssGSEA即单样本GSEA分析，主要可以用来量化免疫浸润。 免疫浸润是什么？要是直白的解释就是免疫细胞渗透到肿瘤组织的程度。一般我们说肿瘤组织当中的成分，首先想到的是肿瘤细...
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【R>>DepMap】单基因肿瘤细胞表达情况CCLE是肿瘤细胞基因表达的百科全书，之前写CCLE：求任意基因的相关性[https://www.jianshu.com/p/59f979ab09ee]稍微介绍过其用法。今天...
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GSEA富集分析+R分析+多类美化工具相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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R 包安装失败解决（一）今天自己在安装包的时候总是报错，但是正常情况下就应该这么安装呀，这到底怎么解决呢？ 偶然发现解决方法如下： install.packages('RSQLite', depen...
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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泛癌分析 —（1）泛癌分析基因表达矩阵处理 Note：数据从UCSC Xena下载，一共33种癌症，这里对于如何下载不做介绍。 1. 文件下载和处理 下载好的数据共33个文件，放到同一个文件夹...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反应2018年的Nature 上公开了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治疗队列数据，而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包中。下面就来学习下吧 1.I...
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关于X-tile 选择生存曲线的最佳Cut-offhttps://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-winapps-appother/net-framew...
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R|illumina芯片beads系列-lumiIllumina是常见的3大制造商之一，lumi包主要针对Illumina公司出品的bead系列表达谱和甲基化芯片进行质控、标准化，获得表达矩阵。它已经封装好lumiExpr...
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illumina beadchip 芯片原始数据处理需求 和这一篇的需求一致，不同公司的芯片原始数据处理方式也不同，最终都是为了得到表达矩阵，今天介绍的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它。找不...
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GEO数据库学习总结（三）ID转换通过前面的数据下载，我们一般都可以得到如下矩阵，为了后续分析及文章需要，我们则需要吧探针名转化为gene_symbol ID转化主要分为二步 Ⅰ、得到探针一一对应的基因名Ⅱ、...
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TCGA 差异分析及作图原始数据准备 学习生信我认为首先要具有全局观，首先要弄清楚做什么分析，需要准备什么文件，然后把这些文件变成什么样子。当准备工作做好后，直接调用R包进行分析和作图。为了方便看，...
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TCGA数据下载与ID转换
今天继续我们的TCGA数据分析系列。 TCGA数据下载 TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据，网址是：https://xenabrows...
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下载TCGA基因表达量文件，应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?GDC中转录组的表达量文件有3种类型，分别对应着不同的定量方法。 Counts 就不用说了，来看看FPKM和FPKM-UQ有啥差别，这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组...
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三种差异分析的整理针对测序数据和芯片数据，目前常用差异分析的R包有edgeR、limma、DESeq2，做一简单比较，方便平时分析。内容多为搬运，主要方便下次寻找。 1. 三种分析方法的比较 ...
