decostand 是群落生态学中常用的工具包,提供了很多主流且高效的数据标准化方法。 基本语法 标准化,和转化相反,是求相对值,旨在降低数据之间因量级、单位等差异而带来的数...
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Ensembl, EntreID,Symbol这三种基因名格式的互相转换 法1:org.Hs.eg.db包 法2:biomaRt包 将老鼠基因转为人类基因名 法1:直接转换 ...
生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计...
首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析,数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com....
R实战 | Lasso回归模型建立及变量筛选 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
ssGSEA即单样本GSEA分析,主要可以用来量化免疫浸润。 免疫浸润是什么?要是直白的解释就是免疫细胞渗透到肿瘤组织的程度。一般我们说肿瘤组织当中的成分,首先想到的是肿瘤细...
CCLE是肿瘤细胞基因表达的百科全书,之前写CCLE:求任意基因的相关性[https://www.jianshu.com/p/59f979ab09ee]稍微介绍过其用法。今天...
相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
今天自己在安装包的时候总是报错,但是正常情况下就应该这么安装呀,这到底怎么解决呢? 偶然发现解决方法如下: install.packages('RSQLite', depen...