并不复杂,也才120行【表示这样的函数好复杂啊,小编说得如此轻松】😄
单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理、实际操作,以及一些值得注意的地方。这一篇继续细胞通讯分析的可视化。 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据...
并不复杂,也才120行【表示这样的函数好复杂啊,小编说得如此轻松】😄
单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理、实际操作,以及一些值得注意的地方。这一篇继续细胞通讯分析的可视化。 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据...
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐...
常用的细胞通讯软件:CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]:是公开的人工校正的,储存受体、配体以及两种相互作用...
新的一周,新的开始,今天我们来分享一个cellphoneDB的升级版,CellphoneDB的V3.0版本,升级的最大改进在于服务于空间转录组的通讯分析,会结合空间位置和生态...
细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat:细胞间相互作用分析利器[https:/...
这是我听B站鲮鱼不会飞视频(R与Bioconductor的入门课)里的笔记哦~ Bioconductor是什么? Bioconductor是一个专门做生信R包的平台,可以把它...
什么是双聚类? 自从基因芯片技术产生以来,大量的生物数据需要分析,这些数据大多规格化之后以矩阵的形式表示和存储,俗称 DNA 微阵列矩阵或基因表达数据矩阵。一般的聚类是根据数...
@周运来就是我 谢谢老师
Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()随着单细胞测序技术的成熟,越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术,往往会用到多样本整合分析的技术,这方面Seurat...
没有subset进行质控么?老师
使用merge整合多组单细胞数据开始操作 第一步:准备原始测序数据 我们下载第一个:GSE106273_RAW.tar(183.5 Mb)[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
周老师您好:我有一个样本的数据【癌组织和癌旁组织】,用seurat合并的话,我在read10X,CreateSeuratObject之后就合并正常和肿瘤样本,
然后用合并之后的数据进行线粒体的添加 以及标化等后续,
可以么?
Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()随着单细胞测序技术的成熟,越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术,往往会用到多样本整合分析的技术,这方面Seurat...
SCENIC官网:https://rawcdn.githack.com/aertslab/SCENIC/701cc7cc4ac762b91479b3bd2eaf5ad5661...
| 1. 简介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml](singl...
scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括...