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群体结构分析软件Structure了解和使用一、简介 Structure 是一个利用遗传标记推断群体遗传结构的软件。其功能包括推断群体数目，判断某个个体属于哪个群体，鉴别迁移个体及杂合体等。举个例子 上图中颜色的种类即...
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计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads，并且把它们输出...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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转录组分析2——比对基因组莎莎写于2020.5.1学校第一批返校的同学已经解封了，我还在宾馆隔离我今天在这里立个Flag：每天都要写简书✍哈哈哈，可能不太现实，但是至少今天是新的一个月的开始要好好学习...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个： UCSC 的...
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bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对bwa bowtie salmon 直接从fastq到达特异性表达矩阵 subread 备注：需要对应建索引的软件版本，版本不同会报错！ hisat2 HISAT2建立索引时...
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转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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转录组学习五（reads比对）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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转录组数据的比对和定量
最近疲于整文章，写本子，所以很久木有跟新啦。今天终于可以整理一下先前的工作啦~~一、转录组定量转录组定量的软件有太多了，网上一搜一大堆。但是，原理原理大同小异，选一个你自己趁...
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ZT:lncrna分析流程
author:风吹过的94data:2016-051.QC2.比对(tophat2) 3.组装(cufflinks) 4.合并(cuffmerge) 5.差异表达分析(cuf...
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Stringtie的使用说明
参考文献：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads帮助文...
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对trinity组装得到的转录本进行表达矩阵构建前提已经获得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此，我们采用的是Trinity自带的脚本进行定量计...
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转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata 如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析 我们今天就对我们之...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
