群体遗传学－分析内容 A 遗传多样性 1 等位基因遗传多样性 2 多位点联合基因型遗传多样性 B 群体结构分析 1 群体差异分析（fst gst等） 2 amova 分子方差...
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群体结构分析软件Structure了解和使用一、简介 Structure 是一个利用遗传标记推断群体遗传结构的软件。其功能包括推断群体数目，判断某个个体属于哪个群体，鉴别迁移个体及杂合体等。举个例子 上图中颜色的种类即...
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计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads，并且把它们输出...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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转录组分析2——比对基因组莎莎写于2020.5.1学校第一批返校的同学已经解封了，我还在宾馆隔离我今天在这里立个Flag：每天都要写简书✍哈哈哈，可能不太现实，但是至少今天是新的一个月的开始要好好学习...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个： UCSC 的...
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bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对bwa bowtie salmon 直接从fastq到达特异性表达矩阵 subread 备注：需要对应建索引的软件版本，版本不同会报错！ hisat2 HISAT2建立索引时...
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转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
