贴一个下载网址，解压缩后可以直接运行
http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi
基于单个样本的基因预测
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample1.cut500.scafSeq -A sample1_protein.fasta -D sample1_nucleotide.fasta
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample2.cut500.scafSeq -A sample2_protein.fasta -D sample2_nucleotide.fasta
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample3.cut500.scafSeq -A sample3_protein.fasta -D sample3_nucleotide.fasta
基于混合组装的基因预测
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modmix.cut500.scafSeq -A mix_protein.fasta -D mix_nucleotide.fasta
参数说明：
-a 显示预测得到的基因的蛋白序列
-A 蛋白序列输出文件
-d 显示预测得到的基因的核酸序列
-D 核酸序列输出文件
-f显示输出格式，L=LST，G=GFF
-m 用于基因预测的模型文件，MetaGeneMark提供的MetaGeneMark_v1.mod适用于宏基因组预测
prokka rapid prokaryotic genome annotation，快速的原核基因组注释
注释模式:古生菌、细菌、线粒体或病毒，默认细菌
prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是Oak Ridge National Laboratory和University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的
https://github.com/hyattpd/Prodigal
-m -p meta
真核生物基因预测
https://www.cnblogs.com/lyon2014/p/4065144.html
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_gene_prediction_software
