参考文章:
https://www.jianshu.com/p/c86fadbff4c3
https://www.jianshu.com/p/cf3bd4b99649
通过mutsigcv得到重要突变基因
查看文献发现,使用mutsigcv筛选significant cancer mutated genes
因此本文的目的就是得到significant cancer mutated genes!!**
通过网上的搜索,我发现使用mutsigcv需要matlab环境
我使用的是windows系统
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安装matlab软件
因为mutsigcv需要matlab环境
将matlab的工作路径设置在mutsigcv文件夹
双击打开mutsigcv.m
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在命令行中输入
MutSigCV('my_mutations.maf','exome_full192.coverage.txt','gene.covariates.txt','my_results','mutation_type_dictionary_file.txt','chr_files_hg19')
结果会以my_results_***的形式呈现
看到下面这个图,好开心啊!!
但是以上只是说明你学会了在windows下载matlab里顺利跑mutsigcv,接下来最最重要的是如何解读数据! 得到的文件如下:
打开my_results.sig_genes,发现head中有q,因此我们可以将文件读入R,进行愉快的筛选significant cancer mutated genes啦!!